名偵探柯南：計時引爆摩天樓
在新壹生日的前壹天，不知什麽盜取了大量塑料炸彈用的火藥，柯南等人剛剛解決了殺人案的黑川宅邸被縱火。對新聞感到吃驚的柯南，在那裏接到了自稱是犯人的男子的預告電話！被盯上的是聚集著孩子們的綠地公園。趕到現場的柯南安全地保護了孩子們，卻收到了犯人下壹個爆炸預告。犯人是仇恨新壹的人嗎？陷入恐慌的大城市，逼近時限！?[3]?
第1部
名偵探柯南：第14個目標
目暮警部、小蘭的母親律師妃英理、阿笠博士被人盯上了性命。因為與小五郎關系親密的人都被當做目標，所以犯人被判斷為是對小五郎懷有恨意的人。另壹邊，柯南註意到現場的遺物和撲克牌有關，發現了被襲擊的3人名字中的***同點。擁有“八”字的小五郎的舊友，為了保護侍酒師澤木公平，柯南等人前往海洋娛樂設施“AQUA水晶”，遇到了名字裏有數字的4個人物。?[4]?
第2部
名偵探柯南：世紀末的魔術師
從轟動世間的大盜怪盜基德那裏，收到了偷取鈴木財閥擁有的羅曼諾夫王朝遺產“帝國復活節彩蛋”的預告函。趕到大阪的柯南和服部平次匯合。突然出現的基德偷出了彩蛋，但是在逃走的時候，被人狙擊的基德失蹤了。再次追尋回到柯南等人身邊的彩蛋之謎，柯南壹行人乘坐豪華客船前往神奈川，但在船上卻發生了殺人案！?[5]?
第3部
名偵探柯南：瞳孔中的暗殺者
發生了以警察為目標的連續殺人案。目睹了現場的柯南，拼命追蹤卻撲了個空，讓犯人逃跑了。而且，在詢問案件的時候，白鳥刑警還說出“Need not to know（不需要知道）”。在這樣的情況下，在警察相關人員聚集的聚會上佐藤刑警被襲擊，正好在場的小遭受了襲擊，喪失了記憶！因為目擊了犯人的臉，小蘭的性命被盯上了。柯南能保護忘記了壹切的小蘭嗎？?[6]?
第4部
名偵探柯南：通往天國的倒計時
在可以壹覽富士山的西多摩市雙人塔套房裏發生了殺人案。被殺的是市議會議員大木巖松。旁邊留下了被分成兩半的豬口。另壹方面，柯南註意到黑衣組織和灰原的可疑舉動，加強了警惕，認為這起案件和黑衣組織有關系。就在這時，柯南和少年偵探團也被邀請參加在雙人塔大樓舉行的派對。但是會場上又發生了殺人案，大樓的中層發生了謎壹樣的爆炸。?[7]?
第5部
名偵探柯南：貝克街的亡靈
開發了1年內成長人類5年份的人工智能“諾亞方舟”的天才少年弘樹自殺2年後。在米花市政大樓舉行了虛擬體感遊戲“繭”的發表會。但是，在那個過程中發生了殺人案。柯南為了尋求案件的線索進入了繭，但是系統被諾亞方舟支配，孩子們被當作了人質！釋放條件是通關遊戲。柯南在19世紀末的倫敦，挑戰了追逐殺人魔的舞臺。?[8]?
第6部
名偵探柯南：迷宮的十字路
東京、大阪、京都發生了5名男子相繼被殺的事件。5人是盯上古美術品的盜竊團“源氏螢”的成員，相互以義經和他的隨從的名字稱呼。剩下的是義經、弁慶、伊勢三郎三人。柯南和被委托解決其他佛像盜竊案的小五郎壹起來到京都，遇到了追蹤源氏螢事件的服部平次，並開始了行動。但是，平次被弓狙擊了。犯人是源氏螢的成員嗎？兩個名偵探在京都的小鎮上疾馳！?[9]?
第7部
名偵探柯南：銀翼的魔術師
舞臺劇女演員牧樹裏收到了怪盜基德的預告信。基德的目標是，樹裏在舞臺劇《約瑟芬》上使用的明星藍寶石戒指。被委托保護寶石的小五郎推理說基德會化身演員在舞臺公演中盜取。公演當天，中森警部等人也參加了，在戒備森嚴的狀態下舞臺的幕布拉開，而基德卻大膽地以新壹的姿態出現在柯南的面前。然而，事件將進壹步展開。?[10]?
第8部
名偵探柯南：水平線上的陰謀
在園子的邀請下，柯南、小蘭和少年偵探團壹行參加了在太平洋航行的豪華客船阿佛洛狄忒號的處女航。很多名人和政界人士也來乘坐這艘優雅的海上遊輪，但正在捉迷藏的時候園子被人綁架、監禁了。憑借柯南的機智九死壹生，這次在船上又發生了殺人事件。柯南註意到15年前發生的貨船第壹八代丸的沈沒事故和半個月前發生的交通事故之間的關聯。?[11]?
第9部
名偵探柯南：偵探們的鎮魂歌
收到神秘男子的委托，小五郎和柯南壹行人來到橫濱。但卻中了那個男人的圈套，小蘭和少年偵探團被當作了人質。時間是12小時。如果不能解出這期間被委托的某個案件的真相，小蘭等人被安裝的炸彈就會爆炸。而且那個男人還知道柯南的真面目是工藤新壹！“關西高中生偵探”服部平次和怪盜基德也登場了！刻不容緩的時限。柯南等人能解開事件的謎題，在時間內將小蘭等人平安救出嗎？而神秘的委托人，黑影的真面目是……?[12]?
第10部
名偵探柯南：紺碧之棺
被小五郎帶到漂浮在太平洋上的“神海島”度假的柯南壹行人。該島自古以來就流傳著沈入大海的古代遺跡“海底宮殿”、300年前實際存在的女海賊“安妮·波尼”和“瑪麗·裏德”留下的財寶傳說。蘭和園子在海底宮殿附近的海裏享受潛水的樂趣，在那裏兩人遇到了以寶物為目標的寶物獵人團隊。突然，壹個獵人被鯊魚群襲擊。蘭和園子拼命逃跑，而被襲擊的獵人死亡。趕來的柯南發現獵人的死有可疑之處，和灰原壹起開始調查。獵人是因海盜寶藏而被殺的嗎？柯南壹邊尋找有著奇怪身影的寶物獵人，另壹邊破解著被認為是事件動機的財寶傳說和作為案件現場的海底宮殿之謎。在推進調查的基礎上浮出水面的神秘語言“Jolly Roger”。在柯南接近解開傳說的過程中，被秘密包圍的獵人奪走了壹部分發掘出來的財寶。獵人的魔手也逼近了蘭和園子。他們的目的到底是什麽？傳說中隱藏的信息是什麽？海底宮殿裏隱藏的秘密是？柯南解開了超過300年時間的暗號！?[13]?
第11部
名偵探柯南：戰栗的樂譜
不久之前發生了以音樂家為襲擊目標的連續殺人事件，被害人均出身於原著名鋼琴家領銜創建的壹所音樂學院。柯南等壹行人，受到了這位鋼琴家的邀請，出席由他出資建造的音樂廳的落成典禮音樂會。音樂會的亮點是巴赫彈奏過的管風琴和世界著名的斯特拉迪瓦裏琴的音色，以及擁有絕對音感的天才歌手的歌聲。可是，在音樂會正式舉辦前，陸續發生了許多可疑案件。而正式演出當天，柯南他們所在的音樂會會場突然發生了爆炸，陷入壹片火海。?[14]?
第12部
名偵探柯南：漆黑的追蹤者
出梅時分。在東京、神奈川、靜岡、長野發生了6起殺人事件。因為被害者身邊總是留有謎壹般的麻將牌，所以被認定為同壹犯人或有組織的大範圍連續殺人事件。“為了警察的威信，必須阻止再繼續犯罪。扔掉領地意識和功名心，大家壹起協力進行搜查吧！”在松本警視的號令下，目暮警部等各縣管轄的刑警們立刻集合起來召開搜查會議，偵探小五郎也將協助他們。被收集來的謎團困擾著，會議暫時結束，這時，柯南發現從會議中走出的壹名刑警進入了黑色保時捷。“那輛車……莫非，是琴酒！”黑衣組織中的壹人，喬裝成刑警潛入了會議。是乘坐琴酒的保時捷逃走的。究竟，連續殺人事件是黑衣組織的行動嗎？擾亂調查的基安蒂和科恩。追趕嫌疑犯的貝爾摩得。計劃暗殺重要人物的琴酒和伏特加。還有神秘的人物——愛爾蘭。案件調查在進行的同時，有人闖入了留下了柯南和新壹行蹤帝丹小學和帝丹高中。柯南知道組織的影子正在接近自己的時候，第7起殺人案發生了！?[15]?
第13部
名偵探柯南：天空的遇難船
神秘的武裝集團，從國立微生物研究所搶奪了可怕的細菌。根據犯罪聲明，查明這是只瞄準財閥的恐怖集團“紅色暹羅貓”幹的勾當。預告中說，7天後他們會再次出現。另壹邊，鈴木財閥的顧問鈴木次郎吉終於完成了世界最大的飛行船“鈴木壹世號”。這是為了抓住視為對手的怪盜基德而設計的壹大項目。“7天後，在從東京出發前往大阪的‘鈴木壹世號’中，試著偷出壹把巨寶石‘天空的貴婦人’吧。”對於次郎吉的挑戰，基德大膽地告知“到達大阪上空後再偷”。以天空為舞臺的這場對決備受世人矚目！除了中森警部和次郎吉招待的小五郎、小蘭、柯南、少年偵探團等人之外，還乘坐了獨家采訪陣容。距離基德出現的大阪上空約6小時。大型直升機突然接近從熱帶樂園起飛、穿過東京灣在太平洋上空飛行的“鈴木壹世號”！由於入侵的武裝集團“紅色暹羅貓”，飛行船很快就被劫持了。占領了飛行船的“紅色暹羅貓”在船內各處設置了炸彈並撒上了細菌！雖說用氦在空中飛行的飛行船是相當安全的交通工具，但是如果爆炸的話，乘務員將全部喪命。而且，如果細菌在飛艇到達地大阪上空飛散的話，關西圈將有1000萬人的生命受到威脅！席卷全日本的劇場型劫機事件！關西圈壹帶陷入了大恐慌！接連感染細菌的船員們……“紅色暹羅貓”的目的究竟是什麽？柯南在飛船中“探險”，所以沒有被恐怖分子發現。在少年偵探團的協助下，柯南逐個拆除炸彈，開始對恐怖分子的反擊！另壹邊，蘭偶然間知道了基德在船內。“基德的真面目是新壹嗎？之所以忙於調查，是因為在偷東西嗎？”被基德出人意料的言行所困擾的蘭，也終於被細菌感染了！?[16]?
第14部
名偵探柯南：沈默的15分鐘
“針對妳這4年傲慢無禮的執政期，在此施下天誅的警告！”壹封謎壹般的恐嚇信突然寄到了朝倉都知事手中。次日在知事親臨剪彩現場的新地鐵隧道中發生了爆炸！千鈞壹發之際，多虧了得知恐嚇信之事的柯南，才避免了人員傷亡，但未能取知事性命的犯人恐怕不會就此罷手，而制造更大的災難。柯南調查了這位朝倉知事的經歷後，推測在其出任國土交通大臣期間建造水壩的相關者中有人仍懷恨在心，便從這方面入手開始搜查。五年前為了建造水壩，新潟縣的北之澤村被沈入了湖底，村民們在附近重建了家園繼續生活。在重建五周年的紀念活動上，人們又紛紛聚集到了壹起。犯人果真會在他們之中嗎？柯南在調查過程中，偶遇了五名男女，他們是時隔八年才重新聚首的兒時玩伴……八年前交通死亡事故的陰影，對建設水壩的不滿，至今仍讓嫉妒與怨恨在他們的心中糾結不清。緊接著，在那場交通事故同日，在去看天鵝的途中不慎墜入懸崖的“少年”冬馬在昏迷了八年之後終於睜開了眼睛！隨著冬馬關於事故當日的記憶逐漸恢復，危險也步步逼來。果然在兒時玩伴的五人中，壹人已命喪黃泉！黑影也在逐漸逼近少年偵探團！冬馬當年究竟看到了什麽？留在他記憶裏的真相究竟是怎樣的？地鐵爆炸犯的下壹個目標又將是什麽？大規模的災難向這個水壩邊的小鎮襲來！回響在雪原上的蘭的呼喊。究竟，那個聲音能傳遞給新壹嗎？“絕對要活下去……”?[17]?
第15部
名偵探柯南：第11個前鋒
毛利偵探事務所接到了爆炸預告電話。小五郎懷疑這是惡作劇，但緊接著停在事務所前路上的車爆炸了。犯人在留下了神秘暗號並威脅說：“如果找不到炸彈的話，將會有更多的人犧牲。”那個時候，在東都體育場觀看J聯賽比賽的柯南，因為小蘭打來的電話開始針對聽到的爆炸預告進行暗號解讀。在時間逼近的時候，柯南能平安找到炸彈嗎？?[18]?
第16部
名偵探柯南：絕海的偵探
“緊急接近！有壹艘裝載爆炸物可能性很高的船只……”在晨霧彌漫的京都舞鶴灣發現的壹艘可疑船只。那艘船上殘存的數據和零件，確認是日本所沒有的東西。那個消息讓日本全國都緊張起來。同日，參加宙斯盾艦的體驗航海的柯南、小蘭、小五郎以及少年偵探團壹行人參觀了海上自衛隊員充滿能量的的對空戰鬥訓練。可是突然，受到了神秘敵人的襲擊，訓練變成了瘋狂的現實！小蘭和少年偵探團因不安而害怕。通過隊員們的冷靜應對事態得以平定，不過，並不清楚敵方的目標。就在這時，在艦內發現了自衛隊員的左臂！手腕上有個停在上午5:30的手表……面對這種異常事態，乘直升機緊急趕來的京都府警、大阪府警也團結壹致開始調查。在那裏，出現了原本沒有乘上宙斯盾艦的神秘女性自衛官——藤井七海的身影……柯南利用犯人追蹤眼鏡和新偵探道具——衛星電話手表，同灰原和阿笠博士，以及在大阪的平次與和葉等人開始合作調查。隨後終於知道某國的間諜X乘上了艦！間諜X究竟是誰？和自衛隊員的左臂、神秘女性自衛官的關系是？在這艘宙斯盾艦上發生的案件，不過是席卷日本全境的恐怖陰謀的開始！間諜的利刃對準了平次以及小蘭！“絕對會找得到的吧……畢竟新壹是個名偵探啊。”互相許下的約定。應當守護的夥伴。?[19]?
第17部
名偵探柯南：異次元的狙擊手
能壹覽東京街道的高635m的鈴木塔。在開幕儀式中，在展望臺的男性客人被外部狙擊而倒下。正好在場的柯南通過子彈的軌道中找出了狙擊點，但對狙擊的射程來說那是“不可能的距離”。和女高中生世良真純壹起追逐狙擊手，只差壹步卻讓對方逃走了。日後，FBI（美國聯邦調查局）和警視廳開始了聯合調查，浮出水面的是海軍特種部隊“海豹突擊隊”的存在。?[20]?
第18部
名偵探柯南：業火的向日葵
紐約的拍賣會場。以3億美元中標了在第二次世界大戰中消失的《蘆屋的向日葵》的梵高自我臨摹稿的鈴木次郎吉，收集了散落在世界各地的7張《向日葵》，準備召開前所未有規模的展覽會。但是，在記者會上出現了基德卡，混亂的會場上還出現了新壹的身影！載有《向日葵》和園子等人的客機飛向日本，著陸前貨倉安裝的炸彈爆炸，機體起火。?[21]?
第19部
名偵探柯南：純黑的噩夢
某個漆黑之夜，日本警察內部遭間諜侵入。英國的MI6（軍情六處）、德國的BND（德國聯邦情報局）、美國的CIA（美國中央情報局）等各國情報機關，甚至FBI的機密數據都被竊取。千鈞壹發之際，安室透率領公安警察及時趕到。間諜奪車而逃。安室與其在高速公路上進行了激烈追逐，就在其它車輛也將被牽連其中而釀成慘案的瞬間，間諜的車被FBI赤井秀壹的步槍子彈擊中，從公路上墜下。第二天，柯南壹行人到東都水族館遊玩。剛剛翻新的水族館盛況空前。在其特色賣點巨大摩天輪之下，柯南發現了壹名獨自站在那裏的外表端莊秀麗的受傷女子。定睛壹看，她左右眼虹膜的顏色是不同的，即俗稱的“雙色瞳”。可是，女子已是連自己的名字也不記得的失憶狀態，所帶的手機也已損壞。柯南等人商定幫助她找回記憶，就這樣與她壹同行動。而這被貝爾摩德在暗中從頭至尾監視著。隨後貝爾摩德拿出了消音器，對著身上的通信器說道，“計劃很順利哦，琴酒。”?[22]?
第20部
名偵探柯南：唐紅的戀歌
大阪的地標——日賣電視臺突然發生了爆炸案。此時，臺內正進行由日本百人壹首協會帶頭的“臯月會”舉辦的臯月杯的發布會的錄制。突發的事態引發了大恐慌。從轟隆作響的即將崩塌的大樓中，關西名偵探服部平次和他的青梅竹馬·遠山和葉兩人被千鈞壹發之際趕到的柯南平安救出。案件如恐怖襲擊壹般，然而犯人的目的無人知曉，甚至連犯罪聲明都沒有出現的無法理解的狀況令柯南和平次不禁感到蹊蹺。在此番騷動中，柯南等人與堅稱是平次的未婚妻的女子相遇。她的名字是大岡紅葉。聲稱“平次是年幼時向她求婚的命中註定之人”的紅葉，竟然是百人壹首的高中生冠軍，是被稱為未來的女王的存在。與此同時，在京都嵐山的日式住宅內，發生了臯月杯冠軍遭殺害的案件。那時，在殺人現場的顯示器中映現的，是紅葉的身影。?[2]?
第21部
名偵探柯南：零的執行人
東京灣的新設施“海洋邊緣”成為東京峰會召開地。在峰會召開的5月1日，會有2萬2千名警察出動。這樣的超巨大設施，某天突然發生了大規模爆炸案！那裏，有從屬於暗中掌控全國公安警察、俗稱為“零”的警察廳秘密組織的安室透的身影。在峰會當天沒有發生，而是在事前發生的爆炸案，以及秘密暗中出動的安室的無法理解的行動令柯南不禁感到蹊蹺。現場留下的作為證據的指紋，與曾在警視廳就職的毛利小五郎的指紋壹致！這是什麽樣的陰謀。柯南與安室圍繞小五郎的逮捕開始敵對。神秘的存在——安室透，究竟是敵人，還是夥伴？“絕密任務”的倒計時，已經開始向“那個時候”轉動起來了……?[23]?
第22部
名偵探柯南：紺青之拳
在19世紀末與海盜船壹同沈入新加坡近海的世界上最大的藍寶石“紺青之拳”。在當地的富豪將其回收，於舞臺上展現其真容時，在濱海灣金沙酒店發生了殺人案。現場留下了怪盜基德沾有血跡的預告函。另壹邊，為了觀看在新加坡舉辦的空手道錦標賽，小蘭和園子來到了當地。由於沒有護照所以無法出國的柯南本來應當在看家，但他被試圖利用他的基德以魔術般的方法，強行帶到了新加坡。若不服從基德就連回日本都做不到的柯南，眼鏡、手表、衣服等全被奪走進行了變裝。被沒有註意到其真實身份的小蘭問及名字，情急之下化名亞瑟·平井。不久，基德得到了在某個宅邸的地下金庫中沈睡著藍寶石的情報。他以為很簡單就可入侵成功，但無比危險的陷阱等待著基德。擋在他面前的，是400戰無敗績的最強空手道家——京極真。基德的命運是……在那之後，就如預兆著什麽不祥之物壹般，從新加坡的象征——魚尾獅中噴出了被染為鮮紅的水！?[24]?
第23部
名偵探柯南：緋色的子彈
日本迎來了世界最大的體育盛典“WSG-世界運動大會-”在東京的舉行。配合開幕式，發表了集成日本技術的、以最高時速1000千米為傲的世界首個“真空超導磁懸浮列車”在新名古屋站與東京新設的芝濱站間發車的消息。世界矚目之下，知名贊助商雲集的聚會會場發生突發案件，陷入了企業高層陸續被綁架的異常事態。在其背後有著監視案件的赤井秀壹的身影，以及等待來自赤井的指令的FBI的身影。根據柯南的推理，案件和15年前在美國波士頓發生的令人忌諱的WSG連續綁架案的關聯性浮現出來，當時的案件也確定是FBI管轄的。這真的是偶然嗎？聚集了來自世界各地人群的日本，究竟會發生什麽？?[25]?
第24部
名偵探柯南：萬聖夜的新娘
於萬聖季熱鬧非凡的東京澀谷。
在澀谷Hikarie舉行了壹場婚禮。出現在那裏的，是身著婚紗壹副新娘模樣的警視廳佐藤刑警。在柯南等眾多來賓的註視下，突然闖入的歹徒向她襲擊而來，試圖保護她的高木刑警受傷了。高木保住壹命，事態得以平息，但在佐藤的眼中，3年前的連續爆炸案中，在曾愛慕的松田刑警殉職的時候她所看到的死神形象，卻與高木的身影重疊。
同時，那起連續爆炸案的犯人越獄了。這究竟是否為偶然？公安警察降谷零（安室透）去追查葬送了同期的松田刑警性命的宿命之敵，卻被出現在那裏的神秘化裝人物戴上了項圈炸彈。
為了拆除項圈炸彈而來到安室潛伏的地下掩體的柯南，聽說了安室現在已故的警察學校時期同期成員們在3年前和真身不明的化裝爆炸犯“普拉米亞”在澀谷遭遇的案件。不久，出現了以推進調查的柯南等人為目標的可疑身影。