以下是船舶的總體分布情況:
附錄:2004年海上自衛隊主要水面艦艇壹覽表(當時沒有“愛當”和“日向咲”等新型艦艇，但整體兵力配置不會有太大變化)。
護航艦隊
直屬船舶
“太道風”級導彈驅逐艦DDG-168“立喀則”號護航艦隊的旗艦駐紮在橫須賀。
“黑部”級訓練支援艦ATS-4202駐紮在吳。
“天龍”級訓練支援艦ATS-4203“Tenryu”號駐紮吳。
“相模”級補給艦AOE-421駐紮在佐世保。
“十和田”級補給艦——422“十和田”(Towada)就駐紮在吳。
十艘和田級補給艦AOE-423常盤號駐紮在橫須賀。
十艘和田級補給艦AOE-424 Hamana駐紮在佐世保。
“莫愁”級補給艦AOE-425“馬什”號駐紮在舞鶴。
第壹護衛隊
“白根”級直升機驅逐艦DDH-143“白根”號駐紮在橫須賀。
DD-101 Murasame級驅逐艦屬於橫須賀的1護航。
“村雨”級驅逐艦DD-102“haru same”號屬於橫須賀1護航。
DD-107“雷”級驅逐艦屬於橫須賀1護航。
“高波”級驅逐艦DD-110屬於橫須賀第5護衛隊。
“高波”級驅逐艦DD-111“Oonami”號屬於橫須賀第5警備隊。
DDG-171 Hatakaze級導彈驅逐艦屬於橫須賀的61護航。
“金剛”級導彈驅逐艦DDG-174“霧島”號屬於橫須賀61護航。
第二護衛隊
白根級直升機驅逐艦DDH-144鞍馬號駐紮在佐世保。
DD-157“Sawa giri”號驅逐艦屬於佐世保第2警備隊。
“村雨”級驅逐艦DD-103“宇達池”號屬於佐世保第2警備隊。
“高波”級驅逐艦DD-112“牧波”號屬於佐世保的第二護衛隊。
“村雨”級驅逐艦DD-104“kiri same”屬於佐世保第6警備隊。
“村雨”級驅逐艦DD-109“有明”號屬於佐世保第6警備隊。
“臺島風”級導彈驅逐艦DDG-170澤號隸屬於佐世保第62護衛隊。
“金剛”級導彈驅逐艦DDG-173“金剛”號隸屬於佐世保第62護衛隊。
第三護衛隊
直升機驅逐艦DDH-141“Haruna”號駐紮在邁赫。
驅逐艦DD-126濱之號，第壹雪級，隸屬於麥河第3護衛隊。
DD-154“阿瑪吉裏”號驅逐艦屬於麥河第3護衛隊。
DD-153“yugi ri”號驅逐艦屬於大住第7警備隊。
DD-155“HAMA giri”號驅逐艦屬於大州第7警備隊。
DD-156“瀨戶吉裏”級驅逐艦隸屬於大住第7護衛隊。
“啟豐”級導彈驅逐艦DDG-172“島風”號屬於第63批護航編隊。
“金剛”級導彈驅逐艦DDG-175“妙高”號屬於麥河第63批護航編隊。
第四護衛隊
“榛子”級直升機驅逐艦-142 Hiei進駐吳。
“村雨”級驅逐艦DD-105“號隸屬於駐吳第4警備隊。
“村雨”級驅逐艦DD-106“Sami dare”號隸屬於駐吳第4警衛隊。
“村雨”級驅逐艦DD-108“ake bono”號隸屬於駐吳第4護衛隊。
DD-151淺吉裏級驅逐艦隸屬於駐吳第8警衛隊。
DD-158“海霧”級驅逐艦(Umigiri)隸屬於駐吳第8警備隊。
“臺島風”級導彈驅逐艦DDG-169 Asakaze號屬於佐世保第64批護航編隊。
“金剛”級導彈驅逐艦DDG-176“卓凱”號屬於佐世保第64批護航編隊。
掃雷小組
用於掃雷的“浦賀”級航母“浦賀”號(Uraga，MST-463)駐紮在橫須賀。
“浦和”級掃雷母艦MST-464“Bungo”號就駐紮在吳。
“Uwajima”級掃雷艦MSC-680“Nagashima”號隸屬於吳1號掃雷隊。
“冠島”級掃雷艦MSC-687“泉島”號隸屬於駐武1號掃雷隊。
“冠島”級掃雷艦MSC-688“艾詩瑪”號隸屬於駐武1號掃雷隊。
“官島”級掃雷艦MSC-684“直島”號隸屬於佐世保第2掃雷隊。
“官島”級掃雷艦MSC-685“豐島”號屬於佐世保第2掃雷隊。
“官島”級掃雷艦MSC-686“Ukushima”屬於佐世保第二掃雷隊。
MSO八重山-301，a級掃雷支援艦，隸屬橫須賀51掃雷隊。
“八重山”級掃雷支援艦MSO-302對馬艦屬於橫須賀的51掃雷隊。
“八重山”級掃雷支援艦MSO-303“八公”號屬於橫須賀51掃雷隊。
MCL-724“哈哈吉馬”號掃雷艇隸屬於駐吳101號掃雷艇隊(原“楚島”級掃雷艇MSC-660)。
MCL-725神島號掃雷艇隸屬駐武第101號掃雷艇隊(原“楚島”級掃雷艇MSC-664)。
本地團隊
橫須賀當地團隊
DD-122初雪號驅逐艦屬於21護航。
首艘雪級驅逐艦DD-123白之旅屬於21護航。
DD-125號驅逐艦“薩瓦尤基”號屬於21護航。
“關島”級掃雷艦MSC-681“杉島”號屬於41號掃雷隊。
“官島”級掃雷艦MSC-682“能島”號屬於41號掃雷隊。
“官島”級掃雷艦MSC-683 Tsunoshima屬於41號掃雷隊。
ASY-91橋本屬於橫須賀警備隊。
LCU-2002小型登陸艇
“覃逸”級的多用途支援艦AMS-4302“譚芳”(索)號。
AGB-5002破冰船“白瀨”號
佐世保當地團隊
首艘雪級驅逐艦DD-127 Isoyuki屬於第23批護航。
DD-128“春雪”號驅逐艦屬於第二十三批護航編隊。
DD-132 Asayuki級驅逐艦屬於第23批護航。
“阿武靖”級護衛艦DE-231“烏尤多”號屬於第26批護航。
“阿武靖”級護衛艦DE-232“仙臺”號屬於第26批護航。
“阿武靖”級護衛艦DE-234“色調”號屬於第26批護航。
“Uwajima”級掃雷艦MSC-673“家島”號隸屬於下關基地隊第43掃雷隊。
Uwajima級掃雷艦MSC-675 Maejima隸屬於下關基地隊第43掃雷隊。
Uwajima級掃雷艦MSC-677 Makishima隸屬於下關基地隊第43掃雷隊。
“楚島”級掃雷艦MSC-667“諸島”號隸屬於沖繩基地隊第46掃雷隊。
“楚島”級掃雷艦MSC-668“Yuri shima”隸屬於沖繩基地隊第46掃雷隊。
MSC-669級掃雷艦Hikoshima隸屬於沖繩基地隊第46掃雷隊。
隼鳥級導彈快艇PG-826 Ootaka屬於佐世保警備隊第3導彈艇隊。
獵鷹級導彈快艇PG-827 Kumataka隸屬於佐世保警備隊第3導彈艇隊。
白高PG-829，隼鳥級導彈快艇，隸屬佐世保警備隊第3導彈艇隊。
LCU-2001小型登陸艇
“突堤灘”級多用途支援艦AMS-4303“天草”號。
五河地方隊
首艘雪級驅逐艦DD-124 Mineyuki屬於第24批護航。
“阿武靖”級護衛艦DE-229“阿不庫瑪”號屬於第24批護航。
“阿武靖”級護衛艦DE-230“Jintsuu”號屬於第24批護航。
“楚島”級掃雷艦MSC-665“姬島”號隸屬於第44掃雷隊。
MSC-670級掃雷艦Awashima屬於第44掃雷隊。
“Uwajima”級掃雷艦MSC-678“tobi shima”屬於第44掃雷隊。
隼鳥，PG-824，隼鳥級導彈快艇，隸屬於五河警備隊第2導彈艇隊。
隼鳥級導彈快艇PG-825 Wakataka隸屬於五河警備隊第2導彈艇隊。
“隼鳥”級導彈快艇PG-828“umi taka”隸屬於麥河警備隊第2導彈艇隊。
“由良”級小型登陸艦LSU-4172“諾托”號
大錯本地團隊
DD-121級驅逐艦“玉古莫”號屬於第25批護航。
“阿武靖”級護衛艦DE-233“赤熊”號屬於第25批護航。
“石狩”級護衛艦DE-226“石狩”號屬於第27批護航。
“西漳”級護衛艦DE-227“優巴裏”號屬於第27批護航。
“西漳”級護衛艦DE-228“yuu betsu”號屬於第27批護航。
“楚島”級掃雷艦MSC-671“櫻島”號隸屬函館基地隊第45掃雷隊。
Uwajima級掃雷艦MSC-672“Uwajima”隸屬函館基地隊第45掃雷隊。
宇歌島級掃雷艦MSC-679“宇歌島”號隸屬函館基地隊第45掃雷隊。
“我”號水翼艇導彈快艇PG-821隸屬於余市防衛隊1號導彈艇隊。
“我”號水翼艇導彈快艇PG-822屬於時宇防衛隊1導彈艇隊。
“我”號水翼艇導彈快艇PG-823屬於時宇防衛隊1號導彈艇隊。
“沃美”級登陸艦LST-4103“根室”號
無棣坊隊
第壹艘雪級驅逐艦DD-129山之號屬於第22批護航。
首艘雪級驅逐艦DD-130松雪號屬於第22批護航。
“瀨戶號”驅逐艦DD-131屬於第二十二批護航。
“楚島”級掃雷艦MSC-666“小木島”號隸屬大阪和神戶基地隊第42掃雷隊。
“宇和島”級掃雷艦MSC-674“築島”號隸屬於大阪和神戶基地的第42掃雷隊。
“Uwajima”級掃雷艦MSC-676“kume jima”屬於大阪和神戶基地隊的第42掃雷隊。
“海壇”級多用途支援艦AMS-4301“海壇”號隸屬於舞鋼警備區佐伯基地支隊。
由良級小型登陸艦LSU-4171由良。
開發團隊組
ASE-6101“栗原”號試驗艦駐紮在橫須賀。
ASE-6102明日香試驗艦駐紮在橫須賀。
第壹運輸隊
“大隅”級兩棲運輸艦LST-4001“大隅”號駐紮在橫須賀。
“大宇”級兩棲運輸艦LST-4002“下關”號駐紮在橫須賀。
“大宇”級兩棲運輸艦LST-4003“國崎”號駐紮在橫須賀。
練習艦隊
TV-3508“鹿島”號訓練艦駐武。
TV-3513島之魚隸屬於駐紮在吳的1號訓練隊(原驅逐艦DD-133)。
TV-3514秋筱宮隸屬於駐吳1號訓練隊(原驅逐艦DD-120)。
TV-3515山風號隸屬於駐武1號訓練隊(原驅逐艦DD-152)。
海運商業集團
“二建”級海洋觀測船AGS-5102“雙見”號駐紮在橫須賀。
AGS-5103“Suma”號駐紮在橫須賀。
“二建”級海洋觀測船AGS-5104若狹號駐紮在橫須賀。
AGS-5105“日南”號海洋觀測船駐紮在橫須賀。
“翔”級聲學測量船-5201“日比基”號駐紮在吳。
“翔”級聲學調查船AOS-5202“哈裏馬”號駐紮在吳。
Arc-482“室本”號海洋觀測船進駐吳。