219 名偵探的會集！新壹vs怪盜KID(2小時特別節目) (集められた名探偵！工藤 新壹VS怪盜キッド) 2001/01/08 ┣漫畫第30卷.File4-7┫
打算拿取鈴木財閥的黑珍珠BLACK STAR的怪盜基德，想起了以前關於鐘臺的壹個事件。另壹方面，小五郎的事務所裏受到不明發信人的信函，而且裏面裝著支票。小五郎帶著小蘭、柯南壹起到了“黃昏之館”。“黃昏之館”是大富翁烏丸蓮耶的別墅，壹同被招待的還有其他名偵探。而後開始了在館中尋找財寶的遊戲。但偵探在壹個壹個消失。最後留下來的偵探是？召集偵探們的犯人的真實身份是？
220~221 壹直說謊的委托人(偽りだらけの依頼人) 2001/01/15 、2001/01/22 ┣漫畫第28卷.File3-5┫
突然有名女子訪問小五郎處，說要尋找中學同學的柴田。很快找到他之後，他們立刻去了柴田家……但柯南對這位委托人充滿了疑問……柴田手裏握著照片被殺，小五郎等開始向相關者訊問。柯南懂了柴田握著照片的含義。另外指出那位作為委托人的女子——池波說的很多個謊言。
222~224 人魚又再度悲泣(そして人魚はいなくなった) 2001/01/29、 2001/02/05 、2001/02/12┣漫畫第28卷.File6-10┫
平次收到有壹封寫著“會被人魚殺死”的信，於是跟小五郎和柯南等壹同到了美國島。他們去找送信人門協紗織，但她已經不知去向。正好島上舉行儒艮之祭。祭奠開始後，紗織的朋友壽美被發現在瀑布上吊身亡。然後又……平次和和葉找到了人魚墓。為了救墜落懸崖的平次，和葉掉下去了？另壹方面，柯南讓小五郎睡著說出了美國島發生的殺人事件與人魚傳說的真相。
225 買賣繁盛的秘密(商売繁盛のヒミツ) 2001/02/19 ┣動畫原創┫
少年偵探團在學校受到委托。那個孩子家裏是開酒店的，但完全沒生意。突然有個男人住到他們家裏，並幫助把飯店的生意搞得紅紅火火。但是那個男人在休息的時間裏好象在偷偷進行著什麽……
226~227 格鬥遊戲的陷阱(バトルゲームの罠) 2001/02/26 、2001/03/05 ┣漫畫第27卷.File7-9┫
柯南、小蘭與園子在遊戲中心遇上了帝丹高中的英語老師朱蒂。朱蒂老師是個遊戲迷。在人氣模擬遊戲的對戰中，其中壹個男人突然死亡。在遊戲中死亡的尾藤沒有外傷，經過調查發現他是被毒殺的，目暮警部等卻從監視攝象機中發現不到可疑人物……柯南推出是誰、怎樣進行的犯罪行為。
228~229 潛藏殺機的陶藝教室(殺意の陶蕓教室) 2001/03/12、2001/03/19 ┣漫畫第30卷.File10-漫畫第31卷.File1┫
園子在陶藝教師為京極作陶杯，小蘭也壹同前去。柯南因為在意小蘭也偷偷跟去。因為陶藝家的女婿素夫突然不見了，大家壹起去找，在櫃子裏發現了他的屍體。柯南註意到發現素夫屍體時的某件事，從此知道了兇手，並且找出了指證犯人的決定性證據。兇手殺人的動機是……
230~231 迷壹樣的乘客(謎めいた乗客) 2001/04/16 、2001/04/23 ┣漫畫第29卷.File3-5┫
GIN與VODKA在密談，然後又來了VERMONT。博士與少年偵探團坐巴士汽車去滑雪旅行。途中站上又有其他客人和新出醫生、朱蒂老師壹同上車。突然灰原開始顫抖……這時有個兩個男人持槍劫持巴士。柯南等人遇到了巴士劫持，柯南發現到除了這兩個男人之外還有壹名同夥。劫持犯以為可以無事脫逃卻不意啟動了炸彈的起爆裝置。灰原還在巴士中……
232 公寓墜落事件(マンション転落事件) 2001/05/07 ┣動畫原創┫
毛利和柯南受到上田的委托，調查威脅同事吉村的犯人。他們馬上趕到公寓，看到吉村從公寓上墜落身亡。柯南從陽臺所在的位置推出犯人。
233~234 無法消滅的證據(消えなかった證拠) 2001/05/14 、2001/05/21 ┣漫畫第29卷.File6-8┫
柯南等被邀到博士的朋友愛犬家加納的家裏，見到了他家的愛犬阿瑟與道爾。習慣到時就去吃點心的道爾不見了。燃燒爐裏發現了道爾的壹部分項圈……因為加納的愛犬道爾行蹤不明，柯南搜查他家的燃燒爐。然後柯南開始推理行蹤不明之迷。
235 寢室的酒窖(密室のワインセラー) 2001/05/28 ┣動畫原創┫
小五郎等人被招待參加喜歡紅酒的日下升平的派對。其他很多紅酒的愛好者也壹同被邀。開始品酒時，去酒窖的日下卻壹直沒有回來。
236~237 南紀白濱的神秘之旅(南紀白浜ミステリーツアー) 2001/06/04 、2001/06/11 ┣動畫原創┫
柯南等因為中了獎得以享受南紀白濱旅行，在途中認識了壹組醫科大學生。這些人中，關於人際關系好象有某種麻煩。次日，圓向跟小五郎等在壹起的藤聯絡，說“真紀死了”。他們急忙趕去看，真紀被刺中胸部殺害。因為她的錢包不見了，被疑為是強盜殺人……乍看之下雖然想是強盜殺人，柯南卻肯定兇手是這些大學生壹行人中的某人。雖然懷疑藤的不在場證明是否可以確立，這時這壹行人中復雜的人際關系壹點壹點浮現出來。這次的殺人事件中，隱藏著另外壹個邪惡的計劃。
238~239 大阪3K事件(大阪“3つのK”事件) 2001/06/18 、2001/06/25 ┣漫畫第29卷.File9-11┫
柯南等人受平次邀請，參加卡迪斯、巴雷拉和諾沃德三位名運動員所開辦的“K3”餐廳的開幕式。在那裏有個報紙記者聲稱他們是“汙穢的K”。之後，在以建築物窗燈打出“K”的文字以做余興慶祝時，突然響起了槍聲。趕到屋子裏時，那個新聞記者已經被射殺。“K3”的三個主人看起來無論是動機還是不在場證明都缺乏是兇手的可能性。新壹主張三人是無辜的，使平次十分驚訝。面對固執己見的新壹的背影，平次自言自語：“除去所有不可能的情況後剩下來的，再怎麽不可信也是真相……”
240~241 新幹線護送事件(新幹線護送事件) 2001/07/02 、 2001/07/09 ┣漫畫第30卷.File1-3┫
柯南在從大阪回來的新幹線中遇上了佐藤警官、高木警官。兩人正在押送毒品的秘密販賣者小倉，高木警官帶犯人去廁所時小倉用刀刺自己的腹部。發現小倉腹部被刺，高木急忙叫佐藤警官來看，回到那裏發現押送中的犯人小倉已經死了。看似自殺，但佐藤警官說是他殺。小五郎和柯南也在推理尋找犯人。
242 元太少年的災難(元太少年の災難) 2001/07/16 ┣漫畫第30卷.File8-9┫
少年偵探團感覺到最近元太有點奇怪，便追問元太。元太說他在被殺人狂追擊，這時從商場頂樓有鐵材向元太落下來！
243~244 毛利小五郎的冒充者(毛利小五郎のニセ者) 2001/07/23 、2001/07/30 ┣漫畫第31卷.File2-4┫
小五郎等人受到旅館的委托前去，路遇山村警官。小五郎等人為了解決不可思議的奇怪事件之迷而到達旅館後，卻聽說已經有個自稱“毛利小五郎”的人先到了旅館。他們到假小五郎房間去看，發現那個自稱“毛利小五郎”的男人已經在屋裏上吊死了。房間裏的提箱中有過去的報紙和長發！柯南根據旅館員工的話推出犯罪過程。
245 向日葵館的槍聲(ヒマワリ館の悌ι) 2001/08/06 ┣動畫原創┫
金澤氏由於被迷樣的狙擊者所威脅，委托小五郎調查。小五郎等人到了建築師金澤氏的別墅。大家在巴比Q時突然聽到槍聲，循聲去看時金澤氏已經被殺。
246~247 纏在網子中的謎團(網にかかった謎) 2001/08/13 、2001/08/20 ┣漫畫第31卷.File5-7┫
少年偵探團由阿笠博士帶著去伊豆的海水浴場。在那裏遇到了小蘭和園子。他們聽到當地漁夫起了爭執，約在當天晚上8點在餐廳解決。柯南等也到同壹個餐廳吃飯，聽說與這幾個漁夫相約的人在海邊溺死了。伊豆海邊發生了殺人事件。當地漁父、與被害者有爭執的三名嫌疑人因為有不在場證明，看起來不可能實施犯罪行為，但柯南的推理證明不在犯罪現場也可以實施。
248 治愈之森的不在場稱證明(愈しの森のアリバイ) 2001/08/27 ┣動畫原創┫
柯南等人來到“痊愈之森林”，遇上了主人紫郎和金次，之後又見到了這兄弟二人的父親龍藏。幾小時後，龍藏被發現在自己家中殺害，聽說此事的柯南等趕去他家。
249~250 偶像們的秘密(アイドル達の秘密) 2001/09/03 、2001/09/10 ┣漫畫第32卷.File5-7┫
小五郎等受到沖野洋子的招待，參加洋子原來所屬的演唱組合中的另壹員——草野薰的訂婚派對。在準備派對的時候，大家尋找去洗澡而壹直沒有回來的薰，她竟然倒在浴盆裏頸部流血！倒在浴室的薰被送到醫院。因為找不到殺害她時所使用的兇器而被認為是外部人所為，柯南從寫著祝福話語的彩色信紙上發現是內部人所為。而此次派對的真正意義是？
251 OK牧場的悲劇(OK牧場の悲劇) 2001/09/17 ┣動畫原創┫
柯南和小蘭被小五郎帶到OKUSU牧場。小五郎因為要看馬術，到了馬場。馬場的裝蹄師杉山突然死亡！看來似乎是被馬踩死的……
252 在圖畫裏面的綁架犯(絵の中の誘拐犯) 2001/10/08 ┣動畫原創┫
少年偵探團在公園看到了可疑的男人。他們知道那個男人是為了向綁架燕秋夫君的犯人交贖金的之後，來到了燕宅。柯南等人從秋夫君繪的畫裏尋找他被關的地方……
253~254 本廳刑事的戀愛物語4(本庁の刑事戀物語4) 2001/10/15 、2001/10/22 ┣漫畫第32卷.File11-漫畫第33卷.File2┫
佐藤警官磨磨蹭蹭地去相親……在相親地點出現的竟是白鳥警部！由美讓高木去找佐藤，但高木遇到了便利店強盜，並不知情。佐藤與白鳥警部約定，如果日沒之前高木還沒來就與白鳥結婚！在隔壁房間偷看的柯南壹邊看壹邊以新壹的聲音聯系高木。高木警官為逮捕犯人苦戰……
255~256 松江玉造連句十四回合定勝負(松江玉造連句14番勝負) 2001/10/29、2001/11/05┣動畫原創┫
小五郎等人到松江，遇上了連句愛好者的聚會。連句愛好者的各位因為抽簽決定了每人所要吟詠的地方而分頭行動。之後連句會按預定開始了，但成員之壹的牛窪卻被殺了。雖然牛窪被殺，連句會仍然按預定開辦。小五郎和柯南也參加了活動，柯南推理事件之迷。
257 非常奇怪的天譴(世にも奇妙な天罰) 2001/11/12 ┣動畫原創┫
浦澤在偷供錢時起了地震，從上方落下大鐘，就這樣氣絕而被逮捕。之後少年偵探團巡視時聽到了慘叫，趕過去看時發現了倒在血泊中的竹中氏。
258~259 來自芝加哥的男子(シカゴから來た男) 2001/11/19 、2001/11/26 ┣漫畫第32卷.File8-10┫
博士與少年偵探團去看馬戲。在那裏正好幫助了因為媒體的報道而被誤認為拉迪?霍克的外國人詹姆斯。他們約定壹起吃飯，而那個外國人卻被綁架了。為了救被綁架的詹姆斯，少年偵探團努力推理他留下的“P&A”的意思。他們還得到了佐藤警官等的幫助，向犯人發起追擊……
260 搖動的餐館(揺れるレストラン) 2001/12/03 ┣動畫原創┫
柯南與小蘭到了小五郎朋友的餐廳。當晚“花亂亭”的主人花岡因為喜歡釣魚，在制作釣魚工具的時候死亡。這是事故還是殺人呢……
261~262 降雪之夜的恐怖傳說(雪の夜の恐怖伝說) 2001/12/10、2001/12/17 ┣動畫原創┫
小五郎與柯南、小蘭在去溫泉的路上，去看秀友的500年忌日鎮魂奠禮。因為看祭奠遇上大雪而不能去溫泉，他們到偶然認識的大門家次男實家住宿。當晚發生了奇妙的殺人事件。大門源壹郎被帶走殺害，但卻沒有被帶走的足跡！長男穿著鎧甲死去。是秀友的詛咒？長男自殺？感到奇怪的柯南開始推理。
263 大阪雙謎 浪花劍士與太閣之城(2小時特別節目) (大阪ダブルミステリー 浪花剣士と太合の城) 2002/01/07 ┣漫畫第31卷.File8-漫畫第32卷.File4┫
在有平次出場的劍道比賽的中，有大學生被殺。最初屍體被發現的現場卻找不到屍體，反而在其他的地方發現了。平次在柯南等人到達比賽會場之前找出犯人。次日平次、柯南等到大阪城遊玩，結識了崇拜秀吉的同好會參加者。在大阪觀光之後回到大阪城的柯南等又遇上了事件。得知這次的事件與13年前發生的燒死屍體案件有關之後的平次和柯南開始推理。
264~265 法庭上的對決 妃VS小五郎(法廷の対決 妃vs小五郎) 2002/01/14、2002/01/21 ┣動畫原創┫
英理為案子的嫌疑人宇佐美辯護。宇佐美堅持殺人事件發生時什麽都不記得了。英理等人到宇佐美前妻經營的酒店去調查。小五郎說事件發生時宇佐美也在店裏。小五郎雖是想證明宇佐美的不在場證明，卻作為檢察官方面的證人出庭。對疑點懷有疑問的柯南讓小五郎作為辯護方證人再次出庭……
266~268情人節的真實(バレンタインの真実) 2002/01/28 、2002/02/04 、2002/02/11 ┣漫畫第33卷.File3-6┫
園子為制作幫助戀愛成功的巧克力，跟小蘭壹起到了有名的吹度山莊。之後，他們去找在飛雪之中壹直沒有回來的二桓，而他已經被打死。屍體上放著巧克力。柯南壹行人回到吹度山莊開始推測殺害二桓的犯人。聽說每年情人節期間都會有遇難者身邊放著巧克力。客人中有壹個人目擊到帶著黑色線帽的可疑男子……照片影裏拍出了什麽人的巧克力，而殺人者是？柯南開始了小五郎的推理秀，揭出犯罪手法。而後室內響起槍聲，戴黑色線帽的男子出現……
269~270 犯罪的遺物(犯罪の忘れ形見) 2002/02/18 、2002/03/04 ┣漫畫第33卷.File7-9┫
有個叫護田的男人來到偵探事務所，說希望能幫忙尋找送給亡妻手表，但聽到毛利小五郎的名字又打算逃掉。正好在事務所的博士和偵探團答應去找表，去了護田家……手表雖然找到了，但在護田家看電影的出月被殺害了。柯南確信護田就是兇手，推理出他不在現場卻能殺人的手法。柯南特別註意戴黑色線帽的男子。
271~272 急忙掩飾的忽略(隠して急いで省略) 2002/03/11 、2002/03/18 ┣漫畫第33卷.File10-漫畫第34卷.File1┫
柯南和小蘭、園子陪朱蒂老師到小吃店喝茶，附近發生了殺人事件。屍體所持的信封上有“○×△”的死亡留言。柯南得知從公司借錢的可疑人物名單裏就有殺人犯，但事情卻還有迷團……“□○×△”究竟是什麽意思？目暮警部從柯南所說的“掩飾、匆忙、省略”的話裏明白了犯人。
273 提問婆婆失蹤事件(クイズ婆さんの失蹤事件) 2002/04/15 ┣動畫原創┫
步美最近常常在公園裏與提問的老婆婆見面。但是到了時間老婆婆卻沒有出現。少年偵探團因為擔心而尋找線索，解開了老婆婆寫在圍巾上的暗號。
274~275 幽靈屋的真相(幽霊屋敷の真実) 2002/04/22 、2002/04/29 ┣漫畫第35卷.File5-7┫
小五郎等聽說有座公寓有女性亡靈出沒。因為公寓有怪物，只有4個住戶。之後當晚，小蘭和小五郎也看到了奇妙的事情！電視上有幽靈漂動、廁所有血水、窗玻璃上有亡靈的影子……柯南推出犯人究竟使用何種手法。而女性亡靈的真相是……
276 警察手冊丟失事件(警察手帳紛失事件) 2002/05/06 ┣動畫原創┫
高木警官在公園為兩個吵架的男人仲裁。次日，發現警察手冊掉落的高木到公園尋找。少年偵探團也壹起幫忙找，卻發現了壹個進行中的殺人計劃。
277~278 英語教師VS西部名偵探(英語教師VS西の名探偵) 2002/05/13 、2002/05/20 ┣漫畫第34卷.File2-4┫
柯南十分在意先前高木所說的調查資料被偷的事件。他認為杯戶市力飯店中可能有幫助PISCO的同夥。這時平次來了？他們壹起到小蘭學校的英語老師家，這時從公寓上有名男性墜樓。平次和柯南就公寓墜落事件展開推理。而後平次要朱蒂老師扮演被害者，在朱蒂老師的手機了發送了“妳到底是什麽人”的短信……
279~280 迷宮的陰暗(迷宮のフーリガン) 2002/05/27 、2002/06/03 ┣漫畫第34卷.File5-7┫
博士和少年偵探團去觀看東京SPIRITS和NOIRS東京的比賽。在回家的電車中NOIRS東京的球迷赤野被殺。赤野在滿員電車中被殺，柯南認為是計劃殺人，並從3名嫌疑人中找出兇手。這時灰原不見了……
281 小小的目擊者(小さな目撃者たち) 2002/06/10 ┣動畫原創┫
步美、元太、光彥3人在壹座廢棄的大樓裏玩偵探遊戲。由於當天電視中要播放《假面超人》，正當3人商量著趕快回家的時候，聽到隔壁傳來了爭吵的聲音。
282~283 水流石庭的玄機(水流るる石庭の怪) 2002/06/17 、2002/06/24 ┣動畫原創┫
由於汽車沒油被困於山道的柯南、小蘭跟小五郎3人，接受了中途恰巧經過的木山家具社長馬島的幫助，第二天壹早，綾佳的慘叫聲驚醒了眾人……
284~285 中華街 雨中的似曾相識(中華街 雨のデジャビュ) 2002/07/01 、2002/07/08 ┣漫畫第34卷.File8-10┫
小蘭在抽福簽時抽中了就餐券，因此小五郎開車帶著小蘭跟柯南前往橫濱的中華街就餐。望著車外的雨景，小蘭突然想起了某個男子。那是在公車被劫事件中遇到的名叫赤井的男子。但在那之前也曾遇到過。同樣是雨中，他站在某壹個
陌生街道的小巷中。究竟是哪裏，小蘭記不得了。還有新壹，也是那樣憂郁地站在雨中。這是最近經常會出現的幻景，小蘭不知道這意味著什麽。
286~288 工藤新壹紐約事件(工藤新壹NYの事件) 2002/07/15 、2002/07/22 、2002/07/29 ┣漫畫第34卷.File11-漫畫第35卷.File4┫
柯南解決了橫濱中華街的事件，但小蘭發起高燒病倒了。在意識恍惚中，小蘭的腦海中浮現了帶著黑帽子的男子赤井、新壹、及美國女演員莎洛比亞德的形象。小蘭想起了以前是在紐約，自己和新壹遇見莎洛比亞德並遭遇到事件的時候見過赤井。那是2人前去見住在美國的新壹父母時候的事情。新壹的媽媽有希子開著“美洲豹”疾馳在紐約的街頭。她拿到了在百老匯好評如潮的音樂劇《金蘋果》的入場券，正趕往劇場前去觀看。
289~290 迷惘森林中的光彥(迷いの森の光彥) 2002/08/05 、2002/08/12 ┣漫畫第35卷.File8-10┫
柯南參加了暑假慣例的廣播體操。同班同學步美他們和阿笠博士也壹起參加了。正當柯南在哀嘆自己原本應該是在享受高中2年級的暑假生活時，小哀註意到沒看見光彥的影子。壹向認真的光彥是不太可能睡懶覺蹺課的呀。擔心光彥出事的阿笠博士和柯南他們來到光彥家。光彥姐姐朝美說，光彥聲稱廣播體操之後要和大家壹起去露營，壹大早就出了門。而且是特地在背包裏塞滿了青團，又借用了朝美的防曬霜，帶著錢包出發的。柯南留意到在光彥屋裏找到的廣播體操出勤卡上休息的都是星期天，由此判斷光彥從很早開始就計劃去某個地方遠行。
291~293 孤島的公主與龍宮城(孤島の姫と龍宮城) 2002/08/19 、2002/08/26 、2002/09/02 ┣漫畫第35卷.File11-漫畫第36卷.File4┫
電視臺策劃了小五郎與平次的東西推理對決企畫，柯南等人因此來到沖繩。2人需要推理的是1年前，在名喚“鬼龜島”的無人島上發現背後留下奇妙文字並餓死荒島的男屍事件。決不想輸給小五郎的平次，決定與工作人員壹起先去勘查外景，打個腹稿。平次、柯南、小蘭、和葉4人以及6名工作人員壹起登上了巡邏艇。工作人員中除導演之外的5人均為當地人。在船上，他們告訴柯南等人壹則傳聞：“當太陽落山之際，地獄使者就將來拘魂（陰間的使者會拘人魂魄）”。
294~295 愛與決心的必殺球(愛と決斷のスマッシュ) 2002/09/09、2002/09/16 ┣動畫原創┫
柯南、小蘭、園子、小五郎、元9太、步美、光彥和小哀坐飛機來到熊本。因為元太抽中了懸賞的“網球大賽招待”。光彥幹勁十足，“我們是為了取勝而來的”。孩子們即刻開始了訓練。之後，觀光了熊本城周邊地區、水前寺公園等。途中，園子叫住了小蘭。原來她拾到壹支手機，從掛著的手機鏈來看，主人應該是個女孩子。園子打開正好剛收到的郵件，上寫“想見到妳，園子！明天11點我等妳”。園子想促成這個與自己同名的人的戀情，決定不把手機交公，而是把它親自送到約會地點，直接交給發郵件人。
296 屋形船 震驚的釣魚(屋形船釣ショック) 2002/10/14 ┣動畫原創┫
小五郎、柯南和小蘭接受工務店社長河井的款待，來到屋形船。河井包下了整艘船，加上另外壹位客人----河井的金融公司朋友山崎後，小船出港了。小船停在了米花港的中段位置，柯南他們壹邊欣賞著對岸的夜景與焰火，壹邊品嘗美味佳肴；而河井與山崎則在船頭釣魚。熱衷於釣魚的山崎脫去襯衫，擺出跑步的姿勢，赤腳握著釣魚竿。看來很喜歡河井為他準備的碳制釣竿，興高采烈的樣子。
297~298 法庭的對決II 妃VS九條(法廷の対決Ⅱ 妃VS九條) 2002/10/21 、2002/10/28 ┣動畫原創┫
小蘭來到擔任辯護律師的母親英理的事務所，想邀請正與小五郎分居的母親壹起去溫泉旅行。不巧的是，英理輪到擔任值班辯護律師，她的對手是被稱作“檢察官中的麥當娜”的九條鈴子檢察官。壹心想促成英理和小五郎破鏡重圓的小蘭這次又是希望落空。事件內容是在不動產業事務所內發現了社長被他殺的屍體，警方根據室內遺留下來的指紋和遺留物品逮捕了行竊事務所的慣犯井上隆誌。井上供認自己在行竊無人事務所時被社長發現，爭鬥間用玻璃煙灰缸砸了社長頭部的犯罪事實。本該是起單純的傷害致死事件，但九條卻以強盜殺人罪的罪名起訴井上，對此柯南覺得疑惑不解。英理也認為九條不可能犯下這種低級錯誤，抱著疑惑，會見了被告。
299~300 友情與殺意的關門海峽(友情と殺意の関門海峽) 2002/11/04 、2002/11/18 ┣動畫原創┫
小五郎再次在抽福簽時中了壹等獎，攜柯南、小蘭來到了山口縣下關市。立即出發去觀光的3人，在“海峽夢之塔”結識了秋田谷徹、野島榮子、大坪圭介、井阪茜4名男女。4人是當地高中的同班同學，為祭奠高三時自殺的另壹名夥伴本堂和行的第13死忌，以及慶祝大坪和茜訂婚而來到這裏集會。當夜，柯南他們在4人的介紹下到河豚料理店用餐。壹名叫針尾的男子出現，威脅秋田谷放棄公司。針尾也是他們高中時的同班同學，就是他逼得榮子以前的戀人本堂自殺的。
301~302 惡意與勝者的行進(悪意と聖者の行進) 2002/11/25、2002/12/02 ┣漫畫第36卷.File5-7┫
柯南等少年偵探團的孩子們和阿笠博士壹起去觀看東京SPIRITS的優勝=Topzj.com=。這是壹場難得的足球隊=Topzj.com=，SPIRITS實現了取得J聯盟優勝的誓願。街道沿路擠滿了圍觀的人群，大家都想看看明星選手秀和直木真人。光彥和元太想要找壹個憑小孩子的身高也能看到=Topzj.com=且可以拍錄像的場所，他們想到了爬到郵筒上去看。就當他們慶幸找到了好地方的壹剎那，壹個可怕的阿姨把他們臭罵了壹頓。那個阿姨原來是喬裝了的佐藤警員。另外還有同樣喬裝了的白鳥警官。他們告訴孩子們，有人給警視廳發了壹封可疑的傳真，因而過來調查情況。
303 能回來的受害者(戻ってきた被害者) 2002/12/09 ┣動畫原創┫
柯南、步美、元太和光彥坐巴士來到曙町。他們想要抓住最近1個月來在曙町發生的多起趁人不在家時入室行竊案件的犯人。對於手頭沒有任何線索卻妄想抓住犯人的孩子們，柯南是服了他們了，但步美他們是來真的。當孩子們在沒有行人的住宅街道上尋找線索時，旁邊的公寓樓裏傳來了女人的尖叫聲。柯南他們沖到那間屋子壹看，房子的主人細野早苗指著沙發，嚇得動彈不得。柯南看到，在被卸去墊子的沙發中，躺著壹具老婦人的被他殺的屍體。
304 震動的警視廳 1200萬人質(2小時特別篇) (揺れる警視庁 1200萬人の人侃) 2003/01/06 ┣漫畫第36卷.File8-漫畫第37卷.File1┫
佐藤刑警在處理郵局強盜事件時想起了3年前的連續爆炸事件。她不能忘記用自己的生命換來炸彈停止引爆的松田刑警。而後，與三年前發生事件的同天11月7日，又收到了預告爆炸的傳真，並且發送者似乎與三年前的連續爆炸事件的犯人是同壹人。佐藤、高木和柯南與少年偵探團試圖通過電傳的文字推出爆炸所在的地點...
305~306 看不見的嫌疑犯 (見えない容疑者) 2003/01/13 、2003/01/20 ┣漫畫第37卷.File2-4┫
出演推理節目的小五郎帶著柯南、小蘭來到拍攝現場的洋館，而在推理劇中出演的演員之壹是英理的中學同學琉璃。開始拍片後，演員們在柯南等人面前突然發生爭執。性格任性的主角風間擅自離開現場，拍攝只得暫停。琉璃和柯南等在洋館裏探險，突然，聽到不知何時已經不見了的琉璃的慘叫。小五郎和現在電視節目的大紅人琉璃再次相遇了，琉璃曾是小五郎的青梅竹馬．琉璃成為了殺害主角風見的嫌疑犯．柯南單獨調查了殺人現場的別墅的壹個房間，看穿了犯罪的手法，然後想讓讓小五郎睡著來解開迷題時發現麻醉槍已經用過壹次了，所以不能再用．柯南正在著急的時候，小五郎把琉璃叫到另壹個房間，發布了令人意外的推理。
307~308 遺留下來的無聲證言(殘された聲なき證言) 2003/01/27 、2003/02/03 ┣漫畫第37卷.File5-7┫
毛利偵探事務所來了三個委托人。要求調查失蹤的著名的系統工程師板倉，三人是不同遊戲公司的職員，受板倉委托開發各自不同的軟件。小五郎根據三人發來的郵件裏的畫像，找到了賓館的房間，但是，和委托人壹起去的時候發現板倉已經死亡了。小五郎的調查對象電玩系統工程師板倉死亡。目暮警官斷定這是壹起偽裝心臟病發作的殺人事件，把小五郎的3名委托人作為了嫌疑對象。但是，沒有證據。為了得到有可能記載黑暗組織線索的被害者日記MO，柯南急於解決事件。
309~311 與黑暗組織的接觸(黒の組織との接觸) 2003/02/10 、2003/02/17 、2003/02/24 ┣漫畫第37卷.File8-漫畫第38卷.File1┫
系統工程師板倉可能與黑色組織有關。柯南得到了他留在MO上的日記，到阿笠博士家的電腦上打開日記。日記中詳細記載了板倉與黑色組織接觸的經過。板倉屈從組織的脅迫，同意買給對方正在開發中的系統程式，並知道他為交付的日期所迫。柯南考慮冒充板倉氏參與交涉。柯南為了和黑色組織進行交涉搭了過路的順風車匆忙趕向東京，但那輛車卻是寶石強盜犯逃走乘坐的車