94年，世界各地的格鬥家們收到了壹封奇怪的標有“R”字母的邀請函，但是沒有發件人。他們紛紛懷疑是不是吉斯、克勞薩又來作亂，帶著疑惑，格鬥家們組成壹個又壹個強悍的隊伍，參加了這次大會。在大會結束後，格鬥家們突然被傳送到壹搜航空母艦上，大會的主辦者出現了，他就是盧卡爾·伯因斯坦。他的計劃是將所有人納入做成雕像他的收藏中，但是好虎不敵群狼，盧卡爾在戰鬥失敗後羞憤無比，啟動了艦船的自爆裝置，炸斷了自己的壹條手臂。
95年，格鬥家們又壹次受到了拳皇大會的邀請函，但是意外地，邀請函上依然標有字母“R”，這令所有人都感到驚訝。這次大會，美國隊被八神隊給擊敗，丟失了邀請函，八神隊因此參戰。格鬥家們都卷入了這場大會，伴隨著盧卡爾巨大的陰謀。比賽結束後，盧卡爾又壹次出現在格鬥家們的面前，他與之前似乎並沒有變化，但是手臂卻變成了機械的。這時，盧卡爾說出自己俘虜了京的父親，草薙柴舟，這令京十分憤怒和擔心，壹番戰後，柴舟敗下陣來暈倒在壹旁。盧卡爾並沒有慌亂，自身爆發出強大的力量——大蛇之力（二十年前與高尼茨戰鬥失敗後獲得了高尼茨的大蛇之血），瞬間擊敗所有格鬥家。但是自己因為無法承受這力量，不到三分鐘便身體自爆而亡。
96年，這次的大會盛況空前，為全世界開放，預選賽後，選出了⑨個隊伍參賽這次大會。但是這壹次，所有人發現大會參賽人員中有吉斯、克勞薩、MR·BIG參賽，這讓參賽者們不得不提防。另外，八神也換上了新的隊友，麥卓和微絲，這讓京感到奇怪。大會後，主辦方，神樂千鶴出現，說是要測試眾人的實力，被打敗後，神樂千鶴說出了舉辦這次大會的目的和京與八神的宿命。突然，賽場上爆發了強大的風壓，讓格鬥家們壹時招架不能，紛紛敗下陣來，只有壹些較強的格鬥家還能站穩腳跟。壹陣風襲來，從中走出壹個人影，他就是——大蛇大祭司，高尼茨。高尼茨出現後，重傷了壹邊的神樂，然後與京、八神、其他強者們開戰。高尼茨的強出乎了所有人的想象，在大家快要倒下的時候，神樂突然運用三神器——鏡的力量令高尼茨的力量封印，京與八神見勢，壹舉轟殺高尼茨，高尼茨永遠消失在了風中。
97年，拳皇大會如期舉行，這壹次的大會也同上壹次大會壹樣，是正式的大會，前格鬥家們參加。但是，這壹次的大會有壹組令人關註的隊伍，地獄樂隊，他們是當下紅火的樂隊，有著許多的粉絲，他們為什麽要來參加拳皇大會呢？眾人十分不解。此時，血液，正在不住的湧動...。
大會之後，格鬥家們見八神、麗安娜有壹點反常，地獄樂隊的三人也消失在了眾人的眼前。突然，八神與麗安娜同時發狂，變得毫無人性，嗜血成癮，他們見到的人統統都會被撕裂。壹瞬間，大會的賽場變成了壹片血海。格鬥家們見勢不妙，沖上去阻止了八神與麗安娜，但是大部分格鬥家也都身受重傷，失去戰鬥能力。這時，地獄樂隊的三人出現了，他們變得更加瘋狂，說的話也讓許多格鬥家感到不解。他們是大蛇三天王（八傑集的力量分別是高尼茨：風，七枷社：地，夏爾米：電，克裏斯：火，山崎龍二：死，微絲：暗、獸，麥卓：光、速，嘉迪路：水、牙）要與格鬥家們戰鬥，以收集“場”讓自己的“主”蘇醒。激戰後，三人敗退。忽然，克裏斯漂浮了起來，似乎被鬼上身。從他的話才得知，大蛇，蘇醒了。京、八神、神樂使用三神器與大蛇惡戰，但無論怎樣，他們都殺不死大蛇，並且大蛇的力量正在緩緩增加。大蛇命令八神殺死京與神樂，八神卻突然發狂抓住了大神的脖子，後來，三人激發三神器的力量，借助八神的身體，封印了大蛇。
99年，格鬥家們又壹次收到了邀請函，但是這壹次的比賽似乎規模並沒有上兩屆的大，並且規則也有很大的改變，采用了援護制。就在這之後，哈迪倫上校感到有些奇怪，開始了暗中的調查。此次大會有壹組新人，英雄隊出現，但是紅丸與真吾也參與其中作為臨時隊友。由於京和八神的失蹤，此次的大會也是由實力強勁的英雄隊獲得了冠軍。這時，哈迪倫突然發現世界各地出現大批克隆人戰士和改造人戰士，是陰森龐大的神秘組織，音巢NESTS的“傑作”。而克隆人的本體，確是草薙京。哈迪倫開始了全方位的打擊。而冠軍隊，英雄隊，也是在壹個基地中發現了克隆計劃的負責人，古力查力度，古力查力度還聲稱K'是他的克隆人，這讓K'十分惱火。打敗古力查力度後，基地被壹個不明男人給銷毀，古力查力度也與基地壹起消失了。
00年，如哈迪倫擔心的壹樣，全世界的恐怖事件頻頻發生，鬧得人心惶惶，於是哈迪倫與部下開始調查人造人馬克西馬、K'的來頭與行蹤，就在這時，拳皇2000大賽準備開幕，向格鬥家們發送了邀請函，但是哈迪倫與部下們沒有想到的是，K'和馬克西馬竟然又壹次參加了拳皇大會，這讓哈迪倫很是苦惱，也開始預防音巢阻止的下壹個動作，這場大會的目的究竟是什麽？又會不會是壹場真正的格鬥大賽呢？格鬥家們想著。即將分出冠軍之時，英雄隊遇見了壹位女孩，?代號“kula"，她二話不說就對K'展開了攻擊，但是被K'擊敗，後來，K'感化了庫拉，並告訴了她音巢的真相，庫拉至此與音巢為敵。大賽的冠軍依然是K'所帶領的英雄隊，但是，哈迪倫突然收到了“淩”被殺害的消息，而英雄隊卻又見到了壹位代號為“ZERO”的身穿戰鬥服的人，99年古力查力度的基地也是被他炸毀。哈迪倫感到不妙，審問自己身邊的“淩”後，發現自己身邊的竟是復制人！而ZERO卻和淩長得壹模壹樣！哈迪倫立馬展開調查，得知ZERO想要啟動等離子大炮來背叛音巢組織。哈迪倫本想引蛇出洞，但是為了安全，他還是展開了措施。K'打敗ZERO後，ZERO說自己的大炮已經充能完畢，他會立刻發射，但是當他啟動按鈕時，卻沒有絲毫動靜，他慌了，因為FOXY和戴安娜告訴他，大炮已經被庫拉所控制並摧毀。ZERO不信邪，但是最後自己被大炮所擊中，也炸開了壹條街道，被報為人造衛星墜落，炸斷了自己的四肢，含恨而死。
01年，此次大會的援護有了小許改動，但是卻要比歷代大會都要熱鬧，參賽的格鬥家也是空前的多。哈迪倫覺得這壹次的大會不可能那麽的簡單，於是繼續對音巢展開調查。K'在與音巢為敵後，壹直在世界各地摧毀音巢的分部與設備，這讓音巢人員十分惱火。這壹次的大會，讓K'感到意外和興奮，因為音巢隊也報名參賽，其中的K9999視K'為死敵，壹心想要擊敗K'來證明自己的實力。這次熱門的大會也是十分的精彩，K'也是十分地賣力。K9999被K'擊敗後，怒氣沖頭卻又覺得自己的行為十分幼稚，但是還是重傷了與自己壹個隊伍的FOXY，帶著安琪兒離開了賽場，最後不知去向。之後，冠軍隊英雄隊被送上了壹個飛艇，飛艇上出現了壹位音巢高層人員“ZERO”，這讓英雄隊的隊員們十分吃驚，ZERO告訴他們，00年的ZERO是自己的復制人，還告訴K'，他可以送K'去音巢的總部，但是必須滿足他的期待。ZERO有三個援護，分別是自己的黑獅子，99年後被自己救下重新改造的古力查力度，和血洗了飛賊村的首領龍。ZERO戰敗後，炸毀了飛艇，送K'去了音巢總部“鋼之城”。見到音巢NESTS的兒子“伊格尼斯”後，他們得知音巢早已經被伊格尼斯殺死了，而伊格尼斯要通過K'的勝利，然後以打敗K'成為他自己新世界的開始。這讓K'有點無法接受，但他不能放棄，壹番苦戰後，伊格尼斯拖著重傷的身體引爆了鋼之城，音巢組織也隨著伊格尼斯的悲鳴結束掉了。
03年，此次大會規模水準龐大，並且有壹組新人“主角”隊參加比賽，其中的墮瓏，自從01年龍和飛艇壹起爆炸後，他壹直相信龍的氣息還沒有消失，壹直尋找著自己的父親龍。大會的規則也變回了原本的三對三模式，但是可以中途換人替補參加戰鬥。京、八神也都參加了比賽，因為他們發現，神樂失蹤了。大會中途，新面孔ASH早早退場，主角隊也因此暫時解散。比賽完成後，K'作為冠軍來到了主辦方，愛德爾·伯因斯坦的面前，同時在場的還有露絲·伯因斯坦，K'得知這是盧卡爾的壹雙兒女，也許是為父親報仇的嗎？但是可以看得出妹妹對哥哥寄予了希望，哥哥卻並不像自己的父親壹般殘暴，K'決定不讓哥哥輸得太沒面子。愛德爾戰敗後，K'沒有說什麽，離開了飛船。另壹邊，京打敗了突然出現的“克隆人”草薙，八神見到了神樂，但是卻發現神樂的姐姐萬龜（萬龜早已被高尼茨殺死）也在神樂身旁，這讓八神感到不妙，神樂肯定被人控制了，京趕到後，得知草薙是由神樂所復制的，也產生了同樣的疑惑。神樂與萬龜戰敗後，萬龜沒有了人的意識，這時，神秘女子杜丹出現，擊暈了神樂，京與八神發現她是用傀儡線控制的人，於是趕緊做出防禦姿態。杜丹大笑後消失。神樂蘇醒了，她告訴兩人，大蛇之氣蠢蠢欲動，於是帶著兩人趕往了地點，三人發現，封印地點有壹位渾身黝黑的男人，名叫無界，可以控制石頭，是遙遠彼之地的幹部，前來解除大蛇封印。幾人話不投機便開戰起來，無界戰敗後，地底突然伸出壹只大手，無界告訴三人，自己的主人肯定會復蘇後便逃走了。突然，ASH出現，偷襲了壹旁正虛弱的神樂，搶走了她的神器，京與八神立刻趕來制止，但是ASH運用鏡的力量閃開了，並告訴八神：下壹個目標和獵物就是妳。之後馬上離開了。
拳皇XI，拳皇XI大會，也稱拳皇11大會。此次大會又有了壹組新隊伍，競爭對手隊，有壹個新人，伊麗莎白。她似乎是為尋找ASH而來的，與ASH是發小，青梅竹馬。此次大會，伊麗莎白在之後並沒有見到ASH，這讓她十分失望，但是並沒有氣餒。八神、京、真吾所組成的隊伍壹路過關斬將，但是八神卻突然因為03年的大蛇封印解除的後遺癥和大蛇之氣的動蕩而暴走，重傷了真吾和草薙。這時，ASH突然出現，偷襲了暴走八神，取走了八神的神器，也同時獲得了紫炎的使用能力，並且告訴同樣京，下壹個就是妳。大會結束後，大蛇之氣突然劇烈動蕩，京與失去了力量的八神、K'等眾多強者前往查看，中途，壹位男子攔住了去路，他就是紫苑，但是無論如何，第壹眼看上去都像是女子。紫苑使用長槍與中國格鬥術進行戰鬥，他的意圖是拖延時間，但是卻不如人意的很快敗下陣來，失敗後，他的身後突然出現了壹個撕裂的空間，壹只手將他拖了進去。剩下的眾人趕快迅速朝著動蕩的方向追去，壹路上不平穩的氣息讓格鬥家們很是難受和痛苦。到達地點後，他們見到了遙遠彼之地的另壹個幹部，禍忌。禍忌操控空間與空氣、壹時讓格鬥家們不知如何去應對，但京與八神與大蛇戰鬥過，異常地有經驗，於是禍忌連連敗退。禍忌戰敗後，本妄想用自己的空間逃走，但是卻被紫苑從異空間投出的長槍貫穿心臟而死亡。事後，哈迪倫將禍忌的屍首擡走，卻被兩名女子搶走了屍首，並且自己的眼罩也被奪去了。
拳皇XIII，拳皇XIII大會，也稱拳皇13大會，拳皇XI中，禍忌先是被草薙京、八神庵擊敗，又被紫苑投出的長槍所貫穿後失掉其生命，紫苑則消失於次元的裂縫。但是余下的壹族們像嘲笑壹般奪走了由哈迪倫所率領的調查部隊的努力成果，現身於其面前。他們所說的遙遠彼之地是什麽？為何要執著的要尋求大蛇之力呢？這壹切謎團的謎底都將在拳皇13大會中解開。大蛇被封印、音巢被解體，而這壹次遙遠彼之地的計劃或陰謀卻顯得如此順利。八神的玉碎了，神樂的鏡破了，麗安娜因為大蛇之氣而失去比賽資格，八神因為失去神器而無法操控火焰。這壹切都是那麽突然。拳皇13大會，是盧卡爾的女兒舉辦的大會，但她萬萬沒想到自己被遙遠彼之地的人所操縱。那邀請函上的字母，正是“R”。後方，哈迪倫集結特工們展開了壹系列行動，ASH與搶走哈迪倫眼罩的蘑菇頭姐妹、愛德爾灌輸自己的計劃，籠絡人心。在大會決賽賽場上，冠軍分出，宣布時，時間突然靜止。遙遠彼之地的首領率眾成員出現，而首領竟是阿修的祖先齋祀，他作為現在遙遠彼之地的首領，顯得異常兇狠，不顧手下的性命。他命令手下們去準備時間之門後，無界未走，讓齋祀感覺十分不滿，於是壹擊便擊殺無界，讓他變成了壹堆枯骨，並且吸收了他的力量。時間之門召喚出來了，齋祀變身，與格鬥家們開戰。不到壹會兒，齋祀便擊敗了所有格鬥家，而且自己看不出有壹點受傷的痕跡。齋祀企圖用活祭的方式以達成自己回到過去創建新世界，復興遙遠彼之地的陰謀，但是時間球突然熄滅，門緩緩關閉中，但就在這緊要關頭，ASH突然出現，偷襲了齋祀，吸取了齋祀的力量，並向驚訝時間球熄滅中的杜丹進行了嘲諷與解釋，但天有不測風雲，齋祀的意誌反噬了ASH，占據了ASH的身體，停止了全部時間，與格鬥家們開戰。壹番戰鬥後，大蛇之氣所需要的鬥氣“場”已經全部收集完畢，齋祀正欲進入時間之門，但是卻遭到了ASH意誌的阻攔，壹番激烈鬥爭後，ASH戰勝和齋祀，流動了門所需要的時間，門關閉了，齋祀也因為用自己的身體去供奉大蛇而死亡，可ASH也因為自己祖先齋祀的死而引發了時空悖論，自己變成了不應該存在的人，同樣死去了，並且永遠消失在了人們的記憶中。後來，八神與神樂拿回了神器，因為大蛇之氣動蕩而復蘇的麥卓和微絲也因為氣息消失而消失了，哈迪倫開始準備清理，而神武、墮瓏也因為賽前和ASH的承諾而壹直守在大門前，卻想不起為什麽，伊麗莎白因為ASH消失前對自己的力量保證奇跡般地能夠記住ASH，在馬車上拿著ASH的發卡流淚。
至此，拳皇系列主線+正傳劇情結束，98、2002、XII是無劇情亂鬥，就不用介紹了吧。