七星篇、破滅之光篇、異次元篇、Darkness篇
1、七星篇
為了奪取被封印在決鬥學院地底遺跡中，擁有毀滅世界力量的三幻魔幻魔皇拉比艾爾、降雷皇哈蒙、神炎皇烏利亞，出現名為七星（SEVENSTARS）的神秘團體。
相應的，決鬥學院方面的遊城十代、天上院明日香、萬丈目準、三澤大地、丸藤亮、庫洛諾斯·德·梅迪奇老師和大德寺老師，被選為七星門鑰匙的守護者，並與七星獵人進行爭鬥。發現大德寺也是七星之壹，而大德寺老師真正的目的是為了培養十代，讓十代擁有打敗“那個人”的力量······
就在戰勝七星不久，幕後黑手影丸理事長突然現身，發動七星門鑰匙真正的功用，開啟了喚醒三幻魔力量的儀式，十代挺身而出和影丸交手，在最後關頭十代用了大德寺老師留下來的卡片賢者之石打敗了三幻魔，並且最後和凱撒亮展開了畢業決鬥，打成平手。
2、破滅之光篇
三幻魔事件結束後，前田隼人成為遊戲設計者離開了學校，凱撒成為職業決鬥者，與十代完美決鬥後也離開戰鬥遊戲學院。不過有迪拉諾劍山?等厲害的新生入學，還有愛德·菲尼克斯、齋王琢磨等極為厲害的角色故意裝成新生進入決鬥學院。
被愛德擊敗的遊城十代和丸藤亮受到“光之波動”的影響。無法決鬥的遊城十代遇到了來自新空間的使者，找回了對決鬥的熱忱與興致，並得到了新空間人卡組和王牌—新宇俠。另壹方面，連敗中的凱撒接觸到地下決鬥，在那重生為地獄凱撒。
同時，萬丈目準、天上院明日香、三澤大地等人也相繼被“光之波動”所侵蝕，歐貝利斯克克·藍宿舍變成了光之結社的據點。
到童實野町修學旅行的十代壹行人，被迫接受齋王的妹妹美壽知的考驗，並得知“光之波動”的真相。回到決鬥學院的鮫島校長宣布GX大賽開幕，這場原本要讓學生和職業決鬥者交流，進而提升學生決鬥能力的活動，卻意外成為牽扯到地球存亡的事件。
在最後的對決中，愛德首先應戰，但是盡管愛徳召喚出了命運英雄血魔-D卻還是功虧壹簣敗給了齋王，十代在之後立即向齋王挑戰，成功打敗了被“破滅之光”操控了的齋王，並且也拯救了世界。另壹方面，恢復正常的萬丈目在GX大賽中不斷獲勝，擊敗了前來挑戰的早乙女禮成為冠軍，禮也因此進入決鬥學院的奧西裏斯·紅。
3、異次元篇
光之波動事件結束後，鮫島校長為了提高學生的決鬥水平，從決鬥學院四所分院請來約翰·安德森、奧斯辛奧布賴恩、吉姆·克勞戴爾·庫克、亞門加勒姆和眼鏡蛇教授。
按照眼鏡蛇老師的指導方針“公開決鬥（DisclosureDuel）”，讓學生戴著“Dis-belt”進行決鬥，然而眾人漸漸發覺事情不單純，於是展開調查。
雖然十代經過苦戰召喚出熔巖新生俠打敗了眼鏡蛇教授，但未能及時阻止尤貝爾，決鬥學院被傳送到異世界，突然來到異世界頓時讓眾人亂了頭緒，還得對抗尤貝爾利用學生制造出來的僵屍，最後在兩個世界的通力合作之下，成功的回到原來的世界。但約翰為了救十代壹行人，自己迷失在了異世界，身體被尤貝爾控制著。
為了救出迷失在異世界的約翰，十代等人再次前往異世界，在這裏每場決鬥都必須賭上性命。
不斷獨自前進的遊城十代，在同伴“死亡”和被五惡珠控制下的眾人的無理指責下，被心中的黑暗徹底控制而變成了霸王軍首領：霸王十代，並且在異世界成為了王者，後來因為吉姆和歐布萊恩的犧牲終於讓他恢復正常，可是由於自己曾經利用融合殺過許多人而自責的他無法再使用。
然而看到凱撒奮戰的身影，讓他獲得前進的力量，克服心理障礙救回約翰，在最後和尤貝爾的決戰中，十代想起了前世的事情，十代使用超融合使自己和尤貝爾融合在壹起。並且為尤貝爾清除了體內的破滅之光，最後回到了學院。但這關系到12個次元的危機並未就此結束。
4、Darkness篇
因為三幻魔、光之波動和尤貝爾事件，造成時空扭曲讓Darkness（黑暗魔王）來到這世界。
而十代也因為尤貝爾事件變得憂郁而且孤僻，在發現了DARKNESS的時候為了不讓夥伴受到牽連而主動避開他們，後來更打算用退學壹了百了，但是在影丸理事長和齋王的勸說下選擇了留下，在戰勝了流星黑龍和五帝龍後和明日香參加了組隊決鬥，組隊後明日香打算對十代告白，卻換來了十代不可望其項背的背影......
再和庫洛諾斯老師的決鬥讓十代引起往事，重新找回了決鬥的熱情，得知DARKNESS出現在童野市的時候立刻趕往，其中和齋王進行了第二次對決，得知了DARKNESS突襲決鬥學院的消息，劍山、萬丈目、明日香、翔等人先後被黑暗吞噬，並且世界的大多數人已被“黑暗魔王”吞噬了。
吹雪和被DARKNESS控制的藤原優介大戰，但是卻輸了，十代和約翰聯手戰勝了藤原，但是DARKNESS的本體卻出現了，約翰因為和藤原優介的戰鬥而無力再戰，遊城十代成了最後的希望。最終用希望與信念喚醒迷失自我而被封閉的眾人且打敗了Darkness（黑暗魔王）。
畢業典禮結束後，眾人還在畢業舞會狂歡時，遊城十代已經收拾好行李，準備壹個人默默離開，卻在羽翼栗子球的引導下，與傳說中的遊戲王武藤遊戲進行壹場真正的畢業決鬥......?
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擴展資料
角色介紹
1、遊城十代（オシリス?レッド）
入學時得到決鬥王武藤遊戲所贈的羽翼栗子球。是奧西裏斯·紅的希望之星和“守護者”之後逐漸成熟起來，擁有了決鬥者應該背負責任這壹覺悟。
當他的雙眼在靈魂融合後顯現出雙色瞳時，可以讓決鬥精靈在人類次元實體化。為人十分遲鈍樂天，特別是對於情商方面上是被動方。?
2、萬丈目準（オシリス?レッド）
大財團萬丈目集團的三子，也和十代類似具有觀看到決鬥精靈的能力。入學時是號稱新生中的決鬥帝王，使用組合怪獸卡組。起初看不起藍宿舍以外的學生，在頭壹次被遊城十代打敗之後流落至北方分院，觀念發生了變化，並增加了武裝龍卡組+擾亂卡組。?
3、天上院明日香（オベリスク?ブルー）
決鬥學院內部的著名校花，在學院中是人氣偶像，天上院吹雪的親妹妹。表面剛強卻也能溫柔地對待朋友的決鬥者。吹雪失蹤之後經常在晚上和丸藤亮在燈塔下討論線索，視丸藤亮為兄長。後來喜歡十代但是始終沒有對他說出自己的感情。