佐助遇見迪達拉。因為之前臭鼬打敗了迪達拉，所以迪達拉也很討厭佐助(迪達拉認為自己的忍耐力是最完美的藝術，卻被沙林甘輕易打敗，所以當然不開心~)。二人戰迪達拉用C1，C2，C3，C4引爆黏土，但都被佐助破解了。最後，迪達拉用最後的粘土自爆，希望能和佐助在壹起。但是佐助在萬蛇的幫助下逃到了另壹個地方。
佐助發現了那只雪貂，並與之搏鬥至死。最後佐助打敗了雪貂。(大蛇丸在佐助法術的幫助下跑龍套，卻被臭鼬殺死...o (╯□ ╰) o)
死之前，臭鼬假裝拿走了佐助的眼睛(佐助當時已經筋疲力盡了，身體也動不了了)，但還是像之前壹樣，輕輕拍了壹下佐助的額頭(把萬花筒遞給了沙林甘給佐助)，然後就倒下了。我死的時候在演戲...........................................................................................................................................................................~ ~ o(& gt；_ & lt)o ~~
阿飛把佐助帶走，並告訴他真相:阿飛的真名叫宇智波馬達拉，他是與第壹代霍穎同時代的宇智波家族的首領。木葉剛建立的時候，要選壹個首領治理村子。以為首的千手氏和班為首的內比都是當時最強的兩個家族。但最終千手戰隊戰勝了內廣戰隊。千手柱間成為第壹代霍穎。後來班不服，發動了對木葉的戰爭。最終在末日谷(也就是佐助離開第壹部時和鳴人戰鬥的地方，兩個雕像，壹個是第壹代，壹個是斑)和第壹代戰鬥，最後斑被打敗。人們以為斑點狗死了，其實斑點狗逃走了，成立了蕭組織。九尾在第壹部電影開始時的樣子是幹巴巴的。但是木葉認為是村裏的內廣家族為了報復才這麽做的(只有夏林根能控制九尾)。
木葉壹直盯著臭鼬，讓它成為木葉監視內波氏族的間諜。與此同時，內廣的家人也註意到了木葉的懷疑，同時看好雪貂，讓它替內廣監視木葉。雪貂被夾在中間。最後為了救佐助，全家被滅(不然他，佐助，全家都得死。在第壹部中，臭鼬的回歸，表面上是為了抓九尾，實際上是警告木葉不要對佐助輕舉妄動)。
佐助想起之前和哥哥的回憶，後悔不已。將“蛇”改為“鷹”。目標:摧毀木葉！(被現場使用.......................)
想解開佩恩的真實身份，獨自潛入蕭的組織，卻發現佩恩原來是他的學生！
世界大戰初期，弱雨在地理上夾在大國中間，自然成為理想的戰場。長門彌彥(帶眼球旋轉，是壹種可以使用任何忍耐力的瞳孔手術，最強的瞳孔手術！但那時，長門和小楠在戰爭中失去了家庭，成了孤兒。自來也見他們可憐，就收他們為徒，教他們如何忍耐。
天道佩恩是彌彥！但是彌彥沒有往返票(世界上只有長門有往返票)，但是天道佩恩有往返票！而且，另外五個佩恩也有圓眼！而且，他們的眼睛其實是連在壹起的——壹個人看到的，其他五個人也會同時看到！
小楠也在組織！
自來也問佩恩他的目的是什麽。佩恩回答說:集合九個尾獸，創造壹種比核武器更強大的武器，以暴制暴！！！
後來，自來也發現除了天堂之外的其他五個佩恩以前都和自來也打過仗，但最重要的是，他們都死了！！！
自來也殺死了壹個佩恩，但他寡不敵眾，面臨死亡的威脅。但如果他這時候撤退，他的努力就全白費了。他想到了自己壹生的失敗:沒能留住大蛇丸，而最喜歡其他東西的綱手卻偏偏喜歡大蛇丸...最後，自來也以生命為代價破解了佩恩的真實身體。他召喚出深淵蛤蟆，用最後壹個脈輪在蛤蟆背後寫下壹串密碼，讓蛤蟆帶回木葉...
自來也想起了蛤蟆長老的預言(蛤蟆長老的預言準確率是100%):自來也的壹個徒弟將改變世界！是佩恩嗎？還是火影忍者？自來也慢慢沈入水底。
盧萬等人破解了密碼，但壹直破解不出來。最後，鳴人發現密碼中的第壹個符號不是“9”，而是“Xi”(自來也壹貫寫法，“Xi”長得像“9”，自來也的《知心天堂》就是這麽寫的。只有被自來也逼著看了壹天《親密無間天堂》的鳴人能看到，可見自來也的用心...)，從而破解密碼:沒有真人！
佐助和小合作，小組織去抓，鷹組織去抓八公。
八尾柱力是雷英的弟弟。超級強大，可以控制八尾，直接召喚八尾，騎在八尾上！牛b！而且可以同時用八把劍(含在嘴裏，夾在腋下，腿上有成吉思汗)！(八公不是八尾大蛇，是牛頭八爪的怪物~ ~ ~岸本混蛋！耍了我們~ ~ ~ 55555555555)佐助等四人使出渾身解數去抓八公。然而，當蕭組織八公封印時，卻發現佐助等人抓到的“八公”不過是八公的壹只爪子(戰鬥中，佐助砍掉了八公的壹只爪子，那是唯壹的空位，八公做了開關，強！)……
八尾柱力rz =з八尾流浪兒到天涯...但是雷音認為八尾被佐助抓住了，而雷英(巨人...壹只胳膊和普通人的身體壹樣粗...........................................................................................................
為了保護鳴人，同時讓鳴人變得更加強大，成為壹只深淵蛤蟆，他把鳴人帶到了蛤蟆的世界——妙木山，並傳授鳴人魔法。使用魔法，妳可以不斷吸收自然能量，但如果自然能量過多，妳的身體會變成蟾蜍，然後變成化石...
經過壹番努力，鳴人終於練就了魔法，眼角出現了小紅點(像自來也，但自來也在下巴~ ~ ~)。
蕭組織又得到壹具女忍者的屍體，來代替被殺死的佩恩，去攻打木葉。
卡卡西，啞巴，和深蛤蟆得到了壹頓午餐...卡卡西也見到了他的父親...木葉遭受了重大傷亡...
佩恩用羅田的標誌把木葉變成了廢墟。
……
木葉丸居然會轉藥丸(鳴人教的...)，而且他還用螺旋丸殺死了壹只佩恩通靈獸...
關鍵時刻，鳴人出現了。
鳴人又變成了九尾。在九尾即將出現的時候，四代(只有查克拉，他在封印九尾的時候把自己查克拉的壹部分封印在鳴人的身體裏)出現了，告訴鳴人鳴人是他的兒子，幫助鳴人重新封印了九尾，然後消失了。
鳴人用魔法和螺旋手裏劍打敗了六個佩恩，並找到了佩恩的實際操縱者——長門。
長門向鳴人講述了自己的遭遇:自來也收長門為徒並離開後，長門成立了壹個以維護和平為宗旨的組織。彌彥是隊長。然而，半藏(老板余音)害怕他們勢力壯大後會對自己造成威脅，所以他與團藏聯手鎮壓長門等人。長門等人寡不敵眾。為了保護長門和牡丹，彌彥自殺以換取半藏的退出。但在彌彥自殺後，半藏仍然沒有撤軍。長門爆發了！他召喚異教徒魔像(召喚異教徒魔像是有代價的。當異教徒魔像出現時，他們在長門背後放置許多管子，不斷吸收長門的能量。當鳴人看到長門時，長門瘦得皮包骨...)，殺了所有人，但半藏和團藏跑了。
從那以後，長門從維護世界和平變成了毀滅世界。
鳴人決定影響長門。他提到了自來也。自來也老師想要和平！看著執著的鳴人，長門想起了以前的自己。最後受鳴人影響。事實上，蛤蟆長老預言中的預言之子既是鳴人又是長門。
長門用他最後的力量復活了所有在戰爭中死去的人。
傷心牡丹帶著、的遺體離開了，再也沒有參加過蕭組織的任何活動。
蕭組織損失慘重，暫時撤退。
綱手在戰鬥中使用大量查克拉治療傷員，身體極度老化，因此暫時取消了霍穎的參賽資格。
團臧成了霍穎的六代(陰謀...)，把佐助定義為叛逆，並稱五影(土英，壹個老頑固，有壹顆大豆子；女，長相清秀，但無論說什麽都會想到“婚禮要取消”)召開會議，討論如何對付蕭組織(陰謀.........................)，而且群內還有sharingan(止水)。
佐助在大吵大鬧，與、我愛羅、特馬裏、等人大打出手。佐助用天照進行全身防禦和攻擊。雷英為了給哥哥報仇，不顧天空拍照的危險，犧牲了自己的左手倒在了地上！
我愛羅的絕對防守還是那麽牛逼！佐助用的是須山野的忍者技能(只有sharingan裏有兩個眼鏡的人才可以用)。真正的絕對防禦！臭鼬跟佐助打得妳死我活的時候用過壹次)
鳴人試圖在五影大會上要求五影赦免佐助(這似乎有點天真...還好有卡卡西和大和陪同，還有賽幫忙)。
卡卡西和大和聯手抓點點。
斑告訴卡卡西和大和，鳴人和佐助的對決是命運，是命中註定的(六道仙人悟出忍術的時候，把外在的力量和內心的愛分別傳遞給了兩個兒子。並把座位讓給了有愛的弟弟。作為長子，哥哥不服，和弟弟對質。後來弟弟的後代是千手氏族，哥哥的後代是內七波氏族。鳴人繼承了第壹代鳴人的意誌，佐助要為內廣報仇，所以是命運的對決。
最後，點點跑了..............