我國著名山水畫大師黃賓虹說：“壽山石發明於元明之間，最初有寺僧見其石有五色，晶瑩如玉，琢為牟尼珠串，引遊四方。好事者以其叮鋟可刻，用以制印。”此中所說“發明於元明之間”應為發明制印的時間。現存最早的壽山石印是明代的“皇帝之寶”，明孝宗朱祐堂、明光宗朱常洛等人都有許多壽山石質的璽印。萬歷年間中國著名的進步思想家姚安知府李贄，有遺世印章兩枚。壹枚白文“李贄”，壹枚朱文“卓吾”，為壽山老嶺石，單獅平臺鈕刻，印文估計為李贄親書，篆刻技法純熟。清初壽山石印已為皇家青睞。康熙皇帝就有“體元主人”、“康熙宸翰”、“佩文齋”等壽山石章，其中，“禦賜朗吟閣寶”是賜給四皇子的，為壽山石中的芙蓉石，刻雙獅鈕。雍正皇帝更喜歡壽山石章，據統計，他***用過200方左右的印章，其中160余方為壽山石所制。如“和碩雍親王室”、“圓明主人”、“竹梅煙舍”、“禪悅”、“冰壺秋月”、“朗吟珍賞”等，大多是高山石和芙蓉石，少數為田黃石，皆雕獅鈕。乾隆皇帝擁有壽山石章609枚，著名的有三鏈章，選用壹塊田黃石，鏤空雕成3條活動的石鏈，每鏈系壹枚石章，分別篆文曰“乾隆宸翰”、“惟精惟壹”、“樂天”（圖8.7）。
高兆的《觀石錄》載：“丁巳康熙十六年後，大開山，日役民壹二百人。環山二十裏，丘隴畝畝，皆變易處。”可見當時開采壽山田黃石的規模和聲勢。田黃石除了少數供作羅漢之類的雕像外，大部分都作為印石，特別是朝貢宮內，供皇帝和王公大臣們制作閑章。福州有兩名印鈕雕刻大師周尚均和楊玉璇，還被專旨召入宮內，鏤雕壽山石的印鈕。可見壽山石章在當時特別受到重視。
嘉慶皇帝、鹹豐皇帝、慈禧太後等都有大量壽山石章。皇帝用壽山石印章雖也有稱“寶”的石璽，但大多為閑章、殿堂齋室章、敬語章、成語章等，多個皇帝都有“宸翰”章，即皇帝收藏書畫用的閑章。
清代皇帝對壽山石章的寵愛，確立了壽山石章不平凡的地位，並推動了壽山石民間雕刻藝術的發展。當時王公大臣幾乎人人都有壽山石的名章、官章和閑章，如現藏林則徐的壽山石章有十多枚。怡親王也同樣有不少壽山石章，其中田黃石六方，有兩方成對者，大如皇帝之璽。溥儀的帝師陳宅琛的壽山石章更多。
清代民間同樣盛行壽山石印章之風。清康熙年間毛奇齡所撰的《觀石錄》和《後觀石錄》，內容主要為民間收藏的壽山印石，許多是周尚均或楊玉璇的印鈕雕。清代著名篆刻家吳讓之、趙之琛、趙之謙、吳昌碩、徐三庚所制的壽山石印章，至今流散民間或收藏於博物館內。
民國時期，采用壽山石為印章的更多。當時的國民政府主席林森，是福州人，每回福州必到總督後街采買壽山印石。號稱“二百石印富翁”的藝術大師齊白石，以及篆刻家陳子奮也十分喜愛壽山石印章。
福州百姓特別是學生用壽山石制姓名章，不講究石章的品質，但求實用，因此福州的刻印店也就應運而生。鼓西路、倉前路、東街、南後街、省府路等刻印店就有40余家。
新中國成立後，壽山石印章的制作曾壹時受到其他材質印章的沖擊而有所衰退。改革開放以來，隨著文化的發展和人民物質生活的提高，收藏鑒賞熱潮逐漸高漲，壽山石印章又如火如荼地發展起來。
名石傳說：田黃石在福州流傳著壹個美麗的傳說。女媧補天之後，還剩下許多大小不壹的靈石。於是她在神州大地上空巡視，最後發現福州壽山的山川嵐氣藏納，林壑清幽，景致絕美，就把這些曾經用於補天的靈石撒向了壽山的大地，這就是蘊藏於壽山水田中的“田黃石”。
還有另壹個版本的傳說。相傳乾隆皇帝曾經做過壹個夢，夢見自己受玉皇大帝的召見，玉皇大帝賜給他壹塊黃色的石頭，還賜給他“福壽田”三個大字。乾隆皇帝醒後高興得不得了，覺得這是壹個“瑞兆”，但是對夢境中的情況，又百思不得其解。第二天，他召集群臣給自己“圓夢”，壹位閩籍大臣聽後連忙跪倒稟告：玉皇大帝賜給皇上的壹定是產於福州壽山的田黃石，因為這正合玉皇大帝賜書的“福壽田”三字。乾隆皇帝聽後極為高興，認為這確實是老天他對自己的恩賜。從此，他就在行祭天大禮的時候在祭桌中央供上了田黃石。