1998年，尼日利亞在米盧的帶領下再次征戰世界杯。令人驚訝的是，尼日利亞在第壹輪比賽中以3比2擊敗了西班牙。在擊敗保加利亞和輸給巴拉圭後，球隊再次獲得小組出線資格，但他們未能比4年前走得更遠。首輪淘汰賽，1-4不敵丹麥，出局。
2002年，尼日利亞在韓日世界杯上被分在死亡之組，但他們因為輸給阿根廷、瑞典和英格蘭而未能從小組出線。2006年，非洲之鷹未能晉級德國世界杯決賽。
歷史上很多著名教練執教過尼日利亞人。韋斯特霍夫率隊在1994壹戰成名。後來的如邦弗雷爾、特魯西埃、米盧、福格茨，都有過帶隊的經歷。此外，尼日利亞在青少年足球領域也表現不俗。球隊獲得了國際足聯世界杯U1985，1993和2007，還以1996獲得了奧運會男足金牌。