後金十年(1625)三月，後金可汗努爾哈赤將都城由東京遷至明朝中衛市。同年開始在沈陽中衛市中心東南角修建宮殿，即現存的大正殿和十王閣。這組建築主要用作管理政治和祝賀朝鮮的地方。努爾哈赤的寢宮在原沈陽城的北大門安定門。
1626年，皇太極繼位後金可汗位。從1631，用了五年時間重建盛京和皇宮。他在原有宮殿的基礎上新建了大內宮，將沈陽中衛市原有的十字形街道系統改為井字形街道系統，從而將宮殿置於市中心。
1636年，皇太極前往大汗，在此稱帝，改國號為清。
沈陽故宮的主要建築正式命名為:
“命名宮殿，中宮為清寧宮，東宮為觀羅宮，西宮為林芝宮，東宮二宮為延慶宮，西宮二宮為永福宮，臺東樓為翔鳳樓，臺西樓為龍飛閣，正殿為崇政殿，大門為大清門，東門為東翼門，西門為西翼門，正殿為儒艮殿”。
此後，又在清宮前東西兩側修建了文德廣場和武功廣場兩座牌樓。因牌樓之心，可知其建於1637。這也是唯壹壹座清朝入關前有確切日期的宮殿建築。
皇太極時期的沈陽故宮，有所謂“崇德五宮”的後妃。這五座宮殿分別是管仲清寧宮、東宮官羅宮、西宮林芝宮、第二東宮延慶宮和第二西宮永福宮。崇德五宮後妃的地位遠高於其他妃嬪。其他嬪妃包括元嬪妃、後妃和側妃。史書中見到皇太極後妃的有15人，史書之外的人也不少。
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