科研院校古生物化石標本的來源,首先是野外地質調查、野外教學實習等活動中零星采集,其中壹般保護古生物化石所占比例較大,這是主要來源;其次是與大型地學類、自然類博物館聯合開展的野外發掘工作或合作項目,所采化石相當壹部分為重點保護古生物化石,甚至包含壹級重點保護化石;第三,為科研院所之間或與地方博物館通過轉讓、贈與等方式獲得的化石,很多為重點保護的古生物化石;第四為科研院校向民間收購的化石。
科研院校收藏化石主要以科研為目的,因此對於化石的產地、時代、層位等信息記錄壹般較詳盡,也是其建立標本檔案管理系統和古生物化石數據庫的優勢所在。由於科研、交流的需要,科研院所涉及的化石進出境事宜也相對較多,所以做好科研院校與國外研究機構的化石進出境管理十分必要。