結束政治生涯後，約翰·斯科特回到俄亥俄州的漢密爾頓縣，在農場度過了余生。他全身心地投入到他的莊稼中，並關註他的孩子們的職業發展，包括美國第23任總統本傑明·哈裏森。
1878年5月25日，約翰·斯科特死於壹種未知的疾病。他死後發生了壹系列奇怪的事情，至今仍沒有壹個滿意的解釋。
在他去世的前幾天，他的壹個年輕的侄子戴文去世了，被葬在哈裏森家族墓地。但是他的屍體從墳墓裏被偷了，消失了。為了防止這種事情發生在他們的父親身上，約翰的孩子們指示將墳墓挖得很深，並用水泥蓋上，以防被破壞。據說他們做到了。
約翰下葬幾天後，他的兒子和幾個鄰居去辛辛那提的醫學解剖室尋找戴文的屍體。估計他可能被賣到醫學院做研究了。他們壹整天都在尋找Devin的屍體，但當他們正要離開停屍房時，突然發現壹具屍體掛在壹根柱子上，臉上蒙著壹塊布。令約翰的兒子驚恐的是，那是他父親約翰·斯科特·哈裏森的屍體。
新聞界對這個奇怪的案件大做文章。這起盜屍案讓只在俄亥俄州出名的約翰·斯科特·哈裏森成為全國討論的話題。當他的遺體再次被安葬在家族墓地時，他的兒子，未來的總統本傑明·哈裏森站在墓前。有人說，約翰·斯科特的失蹤只是為了利益而偷屍體。還有人找出更多不正當的理由，說本傑明·哈裏森在印第安納州樹立了壹些無法擊敗本雅明的政治成就的惡毒敵人，所以他們把仇恨發泄在他父親無助的身體上。