天啟元年(1621)，被燒毀，總督朱重修，改名“來鳳閣”。清代曾多次重建。清康熙二十八年(1689)，重修總督田文，恢復原名。
明清以來，甲秀樓壹直是文人騷客的聚集地，專家學者寫的詩也不少。在樓內收藏的古代真跡石刻、木盤和書畫名家作品中，清代桂陽院士劉昱杉所寫的206字對聯堪稱壹絕，比號稱世界第壹聯的昆明孫胡子大觀樓多了26個字。
甲秀樓擴建資料共三層，以白石為柱，逐層收集，從橋面到屋頂高度約20米。南明河在樓前流過，匯入漢碧潭。建築側面以石拱“扶余橋”相連，橋上原有亭子名為“涵碧閣”。甲秀樓朱亮碧瓦，依山傍水，名副其實，能叫甲秀嗎？。
甲秀樓為金字塔形屋頂，三層三檐四角，高22.9米，石柱支撐，白雕石欄桿保護。扶余橋為九孔，人稱“九眼照沙洲”。解放後，兩個洞被埋在何琳公路上，現在可以看到七個洞。雖然近400年來，地基和橋梁多次遭受洪水襲擊，但仍是中流砥柱。
甲秀樓分為三部分:第壹部分是扶余橋；第二部分是甲秀樓主體建築；第三部分是翠微花園。扶余橋橋頭有壹座石木牌坊。牌樓正中有“城南遺跡”四個大字，橋上有“涵碧閣”。主體建築甲秀樓，四周飛角、石柱、屋檐、雕欄。翠微園是由宮南閣、翠微閣、龍門書院組成的明清古建築群。
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