東西長150米、南北寬100米、占地面積15000平方米的遺址分上下二層，上文化層以灰黑色粘土為主，並有紅燒土層和淤泥層，厚達12—80厘米。發掘出獸骨、石錛、礪石、骨鏃和各種陶片等。下文化層15—75厘米，為黑色粘土，發掘表明獸骨比上文化層更多，有骨鏃、骨錐、骨針、骨鑿以及石斧、礪石等。在兩層之間淤泥中還出土了30具人骨架，並有部分隨葬品，包括生產工具、飾品等。在發掘中還發現了長文形房屋遺址，南北7米，東西3米，殘存木柱等。值得壹提的是在下文化層中還發現了碳化無角菱。
馬家浜文化遺址上承余姚河姆渡文化，下啟崧澤文化和良渚文化。它的發現，引起了國內外考古界的重視，認為這證明了長江流域和黃河流域同是中華民族文化起源的搖籃。此後在嘉興地區還發掘出如“羅家角遺址”等十多個馬家浜文化遺址，並再次引起了中外學者的關註。馬家浜文化已載入《大不列顛百科全書》和1990年出版的《中國大百科全書·考古卷》，確定了它在史前文化考古中的地位。
馬家浜文化遺址1989年12月公布為省級重點文物保護單位!!