收藏了110000多件文物，具有珍貴的歷史和藝術價值，但在這些文物的頂端是87件國寶和610件日本政府指定的重要文化財產。這些頂級文物中有壹些來自中國，主要包括宋元時期的繪畫，中國東京國立博物館中的中國瓷器經典(如王)和中國書法。僅在宋元繪畫中，就有四幅作品，李生的《睡瀟湘》，李娣的《紅白蓮》，梁凱的《雪景》，因陀羅的《寒山》，獲得了“日本國寶”的稱號。
東京國立博物館是日本收藏中國文物最豐富的博物館，其東方館專門展示中國文物。在這裏可以看到琳瑯滿目的商周時期的青銅器和玉器，各種青銅器，漆器，春秋戰國以後的唐三彩和瓷器，漢晉南北朝的各種石雕，歷代的字畫等。據《日本侵華對文物的破壞》壹書的作者孟國祥介紹，戰後日本歸還了戰時掠奪的部分文物，包括158000余輛，其中有2000多輛是珍貴的，但這只是壹小部分。此後，由於各種因素，中國沒有再進行追回。