1、在農村集貿市場銷售煙草是否違法，應根據以下情況認定:
(1)經國務院煙草專賣行政主管部門或者省級煙草專賣行政主管部門批準，銷售煙草不違法；
(二)未經核準登記銷售煙草屬於違法行為，由工商行政管理部門責令停止生產、銷售，並處罰款。
2.法律依據:《中華人民共和國煙草專賣法》第十六條
從事煙草制品零售業務的企業或者個人，應當根據上級煙草專賣行政主管部門的委托，經縣級人民政府工商行政管理部門審查批準，發給煙草專賣零售許可證。已經設立縣級煙草專賣行政主管部門的，經縣級煙草專賣行政主管部門審核批準，也可以核發煙草專賣零售許可證。
第十九條
卷煙、雪茄煙和包裝煙絲必須申請商標註冊。未經批準和登記，不得生產和銷售。
二、如何申請煙草許可證
煙草許可證的處理流程如下:
1.申請。申請時，申請人可直接到當地縣級煙草專賣局辦證大廳申請，有條件的可網上申請；
2.接受。在受理過程中，申請材料齊全、符合法定形式，或者申請人按照要求提交全部補正申請材料的，縣級煙草專賣局應當予以受理；
3.現場驗證。煙草專賣局受理申請後，將指派2名以上工作人員到經營場所進行核查，核對申請內容是否與實際情況相符，並結合當地煙草制品零售網點合理布局的要求提交核查結果；
4.審批。煙草專賣局審批部門根據有關法律法規和政策要求以及當地煙草制品零售網點的合理布局，對申請人提交材料的真實性、合法性、有效性和完整性進行審查，提出是否辦理的意見，報審批人審批；
5.壹般情況下，煙草專賣局會在受理之日起20個工作日內依法作出決定。準予許可的，煙草專賣局應當作出準予行政許可的決定，並在十日內將煙草專賣零售許可證送達申請人。