1.購買申請程序不同。購買憑證式國債可以直接用現金購買；購買儲蓄國債需要開立國債賬戶，並指定相應的資金賬戶後才能購買。
2.債權有不同的記錄方式。憑證式國債債權以“中華人民共和國和中國憑證式國債收款憑證”的形式入賬，由承銷銀行和投資者管理；儲蓄國債以電子簿記方式記錄債權，采用雙層托管制度，由承辦銀行總行和中央國債登記結算有限責任公司托管，降低了投資者托管紙質債權憑證帶來的風險。
3.利息支付方式不同。憑證式國債是到期壹次性還本付息；儲蓄國債的付息方式有很多種，包括按年付息和隨本金付息。
4.到期支付方式不同。未托管的憑證式國債到期後，投資者需到承銷機構網點辦理兌付，到期後不加利息；儲蓄國債到期後，承辦銀行將投資者應收本息自動轉入其資金賬戶，轉入資金賬戶的本息資金作為居民存款，承辦銀行按存款利率支付利息。
5.承包商是不同的。憑證式債券由各商業銀行和郵政儲蓄機構組成的憑證式債券承銷團成員的營業網點發售；試點期間，經財政部會同人民銀行確認的中國工商銀行、中國農業銀行、中國銀行、中國建設銀行、交通銀行、招商銀行、北京銀行等7家儲蓄國債(現增至19)已開通相應系統網點銷售。