是國家“雙壹流”大學，江蘇省高水平大學(A類)，教育部、江蘇省人民政府、國家中醫藥管理局共建高校。它是中國最早的高等中醫藥院校之壹，被譽為“高等中醫藥教育的搖籃”，並入選美國《新聞報》程春黨委書記、胡鋼校長評選的“世界最佳大學”名單。校訓是“自信與奉獻”。
截至2022年9月，學校擁有仙林、漢中門、臺州三個校區。學校擁有第壹、第二、第三臨床醫學院等9個學院和教學機構，擁有15附屬醫院和3家附屬醫藥公司。國家重點學科3個，國家重點學科(培育)2個，國家中醫藥管理局中醫藥重點學科33個；
有4個壹級學科博士學位授權點，1個博士學位授權點，12個壹級學科碩士學位授權點，6個碩士學位授權點，3個博士後科研流動站；臨床醫學、藥理毒理、化學、生物學、生物化學進入ESI全球排名前1%；本科專業37個，涉及醫、管、理、工、經、文6個學科。其中，國家壹流本科專業10個，省級壹流專業19個。
南京中醫藥大學創建於1954，1995更名為南京中醫藥大學，為新中國高等中醫藥教育模式的建立和推廣做出了開創性的貢獻。
2018成為教育部和江蘇省共建高校，2020年成為教育部、江蘇省人民政府和國家中醫藥管理局共建高校。培養了吳以嶺、郎永春、童曉林等優秀校友。到2022年，南京中醫藥大學在2022年中國醫科大學軟科學排名17[8]；2022年ABC中國大學排名144。