圖書館還配備了6000多種中外文工具書，以及古今大型叢書和書籍，如《四Ku全書》、《叢書集成》、《四大叢書》、《民國叢書》、《中國地方誌集成》、《道教集》、《佛教集》、《大藏經索引》、《古今圖書集成》等。據日常調查統計，相關專業的壹級文獻保障率在80%以上。據國家總局科研項目《中華本草》和《方劑學》主編介紹，兩本書引用的圖書品種在我館已達90%以上。
圖書館有中外文書刊65萬冊，其中古籍3000多種，圖書4萬冊。電子書79萬冊；中外期刊、專利、學位論文等35種數據庫。古籍資源主要有明初刻本、明孤本、明刊本、未刊本、珍本、日韓早本。圖書館通過引進權威數據庫、網絡開放存取資源組織、自身資源開發、館際資源交流共享、特色館藏資源整合開發，館藏數量穩步增長，資源質量不斷提高，初步形成了特色明顯、結構合理、體系完備的文獻資源體系。