口袋妖怪漆黑的魅影水艦隊藏身所可以通過以下步驟去，然後可以按照以下步驟操作完成整個水艦隊任務。
第壹步、首先來到凱那市，上去與館長對話後水艦隊出現搶走了潛水艇。
第二步、然後飛到水靜市水艦隊的基地，這裏可以進去了。
第二步、水艦隊基地裏面還可以找到兩只頑皮彈，壹個金珠，壹個大師球。
第三步、從水箭隊成員口中得知火箭隊老大帶著潛水艇跑到了海底洞窟。
第四步、水靜市旁邊的吼吼鯨群不見了，向右沖浪來到綠嶺市，然後去拿潛水術。
第五步、來到宇宙中心。
第六步、上二樓和大吾並肩作戰。
第七步、然後打敗火巖隊。
第八步、完成任務後大吾說有個東西要給妳。
第九步、然後來到綠嶺市左上角大吾的家。
第十步、大吾就會給妳密傳機器08潛水術。
十壹步、再次來到凱那市碼頭使用潛水術潛水下去。
十二步、來到水下壹個洞穴口。
十三步、進去以後就會看到水艦隊搶走的潛水艇。
十四步、然後打敗水艦隊老大就行了，就完成了整個水艦隊任務。