家中藏書甚富，主要是有關戲劇、曲譜等方面圖書，計有4萬余冊、數百種。他十幾歲就註意搜求戲曲典籍，能購買的購買，能借抄的借抄，積三十年之艱辛，收藏曲籍六百余種，其中不乏精本、善本、孤本，成為全國首屈壹指的藏曲大家。他並且利用自己的珍藏，精心校勘，書樓名為“奢摩他室”，家藏明嘉靖善本多種，顏所藏書樓曰“百嘉室”，意在收羅到壹百部明嘉靖刊本。鄭振鐸曾到該藏書樓，看到他親手編纂的《百嘉室藏書目》，有元刊3種、明本80余種、清內府套印本50余種，元明清本曲目476種。抗日戰爭爆發後，他輾轉於湖南、雲南數省，藏書多有損失。1949年後，其子吳良士將藏書捐獻給北京圖書館，其書列入《北京圖書館善本書目》的有170余部，以曲詞類為最多。藏書印有“長歌當哭”、“未免有情”、“長洲吳梅字臒庵”、“瞿安眼福”、“霜厓居士”、“吳楳”、「瞿安」朱文方印、「霜崖/居士」朱白文方印、「吳梅」朱文圓印、「瞿/安」朱文方印、「瞿安/制譜」白文方印、“長洲/吳氏/藏書”白文扁方印、“霜/厓”朱文方印等。 編有《瞿安書目》，未刊。編選《奢摩他室曲叢》，交商務印書館出版，以使這份遺產廣為流傳。這項工作，應該說是受到朱祖謀刊行《強村叢書》的影響。後因上海“壹·二八”戰事，使出版中斷，傳世僅得其半，仍大受好評，以為其選擇之精，校訂之善，當在《元曲選》與《六十種曲》之上。此後鄭振鐸先生倡導刊行《古本戲曲叢刊》，就是受到吳梅先生的啟發；而劉世珩選輯《暖紅室匯刻傳奇》，盧前選輯《飲虹叢刻》，更是直接得到吳梅先生的指導。