唐僧的頭蓋骨被分成三份，分別置於在中、日、印三國。公元664年，玄奘去世，整個唐朝內有超過百萬人為其送行，眾人將其靈骨歸葬白鹿原。後來，唐朝官方將其改葬?大唐護國興教寺?。唐朝末年，天下大亂，玄奘的頭骨也因此失蹤百年有余。有人推測是當時興教寺的僧人將玄奘的頭蓋骨帶到了終南山紫閣寺安葬。宋朝建立後，金陵（今南京）長幹寺可政和尚在終南山發現了玄奘頭骨，於是他將其帶回了金陵，供奉於金陵天禧寺。
明朝洪武年間，南京佛教徒建立三藏塔安奉玄奘頭蓋骨。清朝時期，經過太平天國運動，玄奘頭骨再次遺失，很長壹段時間不知所蹤。壹直到了抗日戰爭時期，日本占領南京之後，準備在雨花臺附近施工。這時，日本人挖到了壹個石棺，石棺內除了銅器、銀器、瓷器和錢幣之外，最引人註目的就是玄奘的頭骨。
日本人打算將這些東西偷運回國，南京各界愛國人士知悉此事，聯合抗議，聲勢浩大。汪偽政府迫於輿論壓力，與日軍交涉。最後，日本只好妥協了壹步，將玄奘的頭骨壹分為三。壹部分放在南京的小九華山，壹部分帶回日本，還有壹部分放在中國文物保管處保存，汪精衛最終也妥協了。
1955年，郭沫若為首的文化團出訪印度，中國將壹份玄奘的頭骨送給印度。至此，玄奘的頭骨也就分落在三個國家。玄奘法師，本名陳祎（yī），洛州緱氏（今天的洛陽偃師人）唐代著名高僧，13歲出家於凈土寺，貞觀元年西行五萬裏，歷經艱辛到天竺佛教中心那爛陀寺取得真經，歷時17年，唐太宗親自在紫微城儀鸞殿接見了他，唐僧帶著弟子們在長安開始了漫長的翻譯經書工作，壹生翻譯經書75部，***計1335卷。?