《國寶檔案》每期節目從壹件國寶文物開始，每期集錦部分或全部涉及以下內容:
這件國寶的藝術價值和中國文化的歷史內涵；
《國寶》問世前後的歷史背景和事件；
這件國寶的歷史，包括內幕、傳說、懸案、真相；
這件國寶在國內外流傳的故事及相關人物；
這件國寶的藏身地。
《國家寶藏檔案》周末版於2006年元旦出版。周末版定位於“流失海外的國寶及其回歸之路”主題。通過開展“中國國寶海外行”活動，使旅居海外的國寶文物得到了展示和歸檔。相比國內文物，生活在國外的國寶級文物經歷了歲月的滄桑和磨難，更加神秘和傳奇，對電視觀眾更有吸引力。