1、分類不同
奇蹄目是哺乳動物下的壹個目，因趾數多為單數而得名。
偶蹄目也作?鯨偶蹄目，是哺乳動物的壹個大型分支。陸生種類四足各有四趾或二趾，趾甲極度特化，呈角質蹄。因每足的 蹄甲數 為偶數（四 或 二），故稱偶蹄目。
2、特點不同
原始奇蹄動物的腳趾是前四後三，現生的奇蹄動物貘就是這樣的腳趾結構。奇蹄目成員胃簡單，不具備偶蹄目部分成員那樣多的胃室，但盲腸大而呈囊狀可協助消化植物纖維。
偶蹄目源自 5000 萬年前?始新世的踝節目，演化至今已成為哺乳類中最繁盛的家族之壹。現存 300 余種，可分 4 個亞目：胼足亞目（駱駝和羊駝類）、豬形亞目（豬和西猯）、反芻亞目（牛、羊、鹿?等）、鯨河馬亞目（鯨豚類與河馬）。
3、價值不同
奇蹄目除有科學研究的價值外，在動物園展出中亦占重要地位。某些野生馬類還可與同類的家畜雜交，供改良育種的科學實驗用。各國已采取措施，積極保護這類珍稀動物。
偶蹄目動物對人類很重要。從史前開始偶蹄目動物就是人類的主要蛋白質來源，是古人類的重要的狩獵對象。幾乎所有的人類文明裏都有偶蹄目的存在（比如舊大陸諸文明裏的牛、羊、駱駝，南美印第安人文明裏的駱馬、羊駝等）。
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