據統計，截止到2011年，收藏敦煌遺書最多的有中國的北京圖書館，藏有遺書10000余號，已整理編目的有9803號；英國國家圖書館東方寫本部有11297號，其中已編目9172號；法國巴黎國立圖書館藏6000余號，漢文卷子4038號已編目，藏文卷子約2000號未編目；蘇聯列寧格勒亞洲民族研究所藏11050號，已編目2954號；日本人橘瑞超收藏429號。另外，中國的旅順博物館189卷，甘肅省圖書館100余卷，藏文226卷，西北師範大學歷史系文物室22件，上海博物館182件，天津藝術博物館300余件，臺灣中央圖書館153件，臺灣國立歷史博物館20余卷。
國外的壹些圖書館、博物館也藏有部分遺書，如英國印度事務部圖書館：765件藏文文書。日本大谷大學：38卷，龍谷大學7卷。日本私人收藏者：中村不折163卷。其他人（包括壹些不知姓名者）***有208卷，丹麥皇家圖書館東方部14卷，法國吉美博物館還藏有絹畫220幅。還有壹些圖書館收藏的圖書數目不詳，如中國甘肅河西地區博物館、臺灣中央研究院歷史語言研究所、臺灣的壹些私家收藏者也有數十卷，英國牛津大學金德利圖書館、英國皇家亞洲協會圖書館以及西德柏林科學院所藏的6000余件漢文文書、南朝鮮漢城博物館藏有的2000余件原朝鮮總督文書、日本約3000件大谷文書中都有數目不詳的敦煌文書。印度德裏博物館還藏有壹些藏文文書。瑞典、奧地利、東德等國也都各有收藏