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高中生偵探工藤新壹和青梅竹馬的同學毛利蘭壹同去遊樂園玩的時候，目擊了黑衣男子的可疑交易現場。只顧偷看交易的工藤新壹，卻忽略了從背後接近的另壹名同夥。他被那名男子灌下了毒藥，當他醒來時，身體居然縮小了！
如果讓那些家夥知道工藤新壹還活著的話，不僅性命難保，還會危及身邊的人。在阿笠博士的建議下他決定隱瞞身份，在被小蘭問及名字時，化名江戶川柯南，為了搜集那些家夥的情報，寄住在父親以偵探為業的小蘭家中。
謎團重重的黑衣組織……他所了解的，就只有他們是以酒的名稱作為代號的。為了揭露那些家夥的真面目，小小偵探江戶川柯南開始大顯身手！
票房規模
特別總集篇《名偵探柯南：緋色的不在場證明》在上映首周周末兩天觀影人次為9.2萬人，票房1.26億日元，列當周觀影人次排行第2位，上映前4天獲票房251886500日元。
第2周周末2天觀影人次7.5萬人，票房1.11億日元，列當周觀影人次排行第4位，票房較此前壹周下降12.2%，累計票房接近5億日元；第3周列當周觀影人次排行第3位，累計觀影51萬人，累計票房突破7億日元。
第4周位列觀影人次排行第4位，周五至周日獲票房84561550日元，累計票房916953550日元。第5周位列觀影人次排行第5位，累計觀影超74萬人次，累計票房超10億日元。第6周位列觀影人次排行第8位，周五至周日獲票房36128300日元，累計票房1122403350日元。