圖書館收藏的書刊有兩種分類。中文圖書使用《中國圖書館圖書分類法》(文革前的少數舊書除外)。外文圖書、期刊、資料采用中國科學院圖書館圖書分類，所有圖書、期刊閱覽室、借閱室(館)均采用分類排架方式，方便讀者從圖書、期刊的學科知識體系中查找文獻資料。我館現有十幾套中外文書刊目錄可供讀者查閱，其中中文書刊館藏數據已基本實現機讀，並已上線供讀者在館內外檢索。本館是中國圖書館聯合編目中心成員，也是福建省高校外文期刊聯合目錄的加工中心，與福建省高校外文期刊聯合目錄及其數據庫壹起編制。
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