4月下旬至5月上旬，藏紅花在地上的部分枝葉已經開始逐漸變黃了，到了這個時候就可以把藏紅花挖出來。用鐵把從畦的壹端小心起挖。挖出後，除去枝葉和殘根，在田間晾曬幾天，再放回室內貯藏。采收和貯藏時要按照健病、無損、大小標準進行分類，分開貯存起來。
貯藏室要少光、陰涼、通風，地面最好是泥土地，室內要保持幹燥，壹般球莖可增重3~5倍，畝收球莖600~1000千克。藏紅花室內和大田的花期均在10月中旬到11月上旬。以每天9~11點開花最為茂盛，花朵色澤也非常鮮艷。
室內不受天氣影響可全天采花，室外花朵在開放的第壹天適宜在3~11時進行采摘，采晚了柱頭易沾上雄蕊花粉影響質量。