1、位置不同。南寧博物館位於廣西壯族自治區南寧市良慶區龍堤路，民族博物館位於廣西民族博物館位於南寧市青秀山風景區青環路。
2、級別不同。南寧博物館在南寧市良慶區，是國家二級博物館，以教育、展示、收藏、研究南寧歷史文化遺產為主。民族博物館在南寧市青秀區，是國家壹級博物館，是以廣西民族文化為專題的博物館，以收藏、研究和展示廣西12個世居民族的傳統文化為主要工作任務，同時兼顧對廣西周邊省份各民族以及東南亞各民族的文化研究、文物資料收藏和宣傳展示。