只有太諫院是個例外，是國家監察機構，首長大司諫是正三品堂上官，與司憲府同等級別，合稱兩司。
內廷的院、寺、署大致同等，基本都是單獨負責特定事務的機構。
院有尚衣院、內侍府等。
寺有司仆寺、內資寺、內贍寺、禮賓寺等。
署有宗廟署、社稷署、平市署、圖畫署、惠民署、造紙署、典獄署、典牲署、掌苑署、司圃署等。
比如尚衣院就是負責王室服飾的機構。內侍府也是官吏太監的機構。
司仆寺相當於中國古代的太仆寺，是負責宮中車馬的機構。
司圃署則是掌管王室所有園圃、蔬菜等事的機構。