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由於制作工藝的先天不足，在達芬奇還活著的時候，整幅壁畫就已經開始剝落。不知道後來的畫家畫了多少遍，哪壹幅是達芬奇的真跡很難找到；此外，這片聖地還經歷過多次戰爭。除了拿破侖的炮擊，二戰期間教堂也被炸。多虧了意大利人用幾層沙袋將墻壁完全覆蓋，壁畫才得以幸存。
現在保存《最後的晚餐》的修道院大廳與外界完全隔絕，所有門窗都用鋁合金和玻璃覆蓋，真正做到了恒溫、恒濕、全封閉。參觀者要通過三扇玻璃門才能到達入口，每扇門打開前都必須完全關閉。
百度百科最後的晚餐