故事內容主要在描述少年小智為了成為寶可夢大師，從大木博士那得到皮卡丘，並出發做修行之旅。途中結識不同的人、遇上不同的寶可夢。壹路上有許多人和小智結伴同行，也有企圖奪走別人寶可夢的火箭隊兩人與壹貓組（武藏、小次郎、喵喵）會不時出現搗亂。在這趟旅途中，小智等人和不同的人邂逅，更延伸出許多人類和寶可夢之間有趣、感人、熱血的故事。
動畫的日文版根據遊戲原作版本，可按照時間順序劃分為七部：《精靈寶可夢：無印篇》《精靈寶可夢：超世代》《精靈寶可夢：鉆石與珍珠》《精靈寶可夢：超級願望》《精靈寶可夢XY》《精靈寶可夢：太陽&月亮》《精靈寶可夢:劍&盾》。