唐貞觀十九年，唐太宗李世民在幽州(今屬北京)建廟，紀念渡海討伐中犧牲的將士。李世民在神廟建成前就去世了。後經李治、武則天等皇帝多次詔令，於武則天萬歲元年建成，命名為“班哲忠殿”。建於51年的民眾廟，規模巨大。寺內有壹座高閣，名為閩中閣，有句諺語形容其高。後來安祿山和史思明在廟的東南和西南各建了兩座木塔，以示各自的功績。唐武宗李嚴繼位後，在全國範圍內開展了弘揚道教、滅佛的運動，並憑借唐太宗的開國初衷，對緬甸表現出了憐憫和忠誠，才幸免於難。然而，兩年前李顯忠的壹場大火摧毀了本雅明寺的所有建築。1992年和1997年重建時，修建了觀音殿和觀音塔，恢復了原來的規定。
遼代時期，民眾寺多次遭到天災人禍的破壞，多次修繕。廖道宗金奎大十年間，進行了大規模的重建，為現在的寺廟奠定了基礎。金大鼎十三年，本傑明寺還為女真人進士舉辦了考場。在1215，本傑明
忠誠寺再次被戰爭摧毀。直到明朝第三年(1438)，由禮儀太監宋文義等巨型太監牽頭重建了這座寺廟。清朝順治年間建壇，康熙年間重修經幡亭。雍正年間大修後改名法源寺，定為法家寺，是壹座專門傳授戒律和教義的皇家古寺。
宣南最大的寺廟不僅占地面積大，而且歷史非常悠久。它建於唐朝，當時叫本傑明寺。寺內有忠義殿，老北京諺語“忠義殿亭，上天庭持之”，可惜這高閣在明朝以前已不復存在。唐代的老本雅明寺只剩下幾塊殘破的碑，證明了本雅明寺原來有佛塔。碑文:“建於至德二年(唐肅宗恒力年號，公元757年)十月十五日，為張不韋、蘇靈之所撰。”喜歡拓片的人都知道，唐代有壹位大師李北海，他既是書法大師，又是篆刻家。這位李北海壹生為後人留下了許多碑帖，其中《廬山寺碑》和《雲輝將軍碑》在碑帖史上非常有名，而且壹直由李北海以“蘇靈之”的名義書寫和鐫刻。寺內有壹座唐碑，名為《凈光塔碑頌》。
閩中寺重建於公元1442年(朱祁鎮，明英宗)，明朝第七年，改名崇福寺。明朝末年廢棄重建，才叫法源寺。清康乾以後，法源寺不僅是宣南寺，在京都也以花聞名。清康乾以後詩人的詩作如下
關於法源寺的花，有不少詩句“三十度時狂，春風照秋海棠。”這是壹首描寫法源寺海棠花的詩。林則徐有日記說:“出城沿途壹遊，回法源寺看海棠紫。”這篇日記寫於嘉慶二十壹年(1816)四月初七，可見當時法源寺的海棠紫丁香正盛開。有個詩人，因病在法源寺住了兩三年。這位詩人有兩句臺詞讓我印象深刻:“全家在秋風中，九月衣不剪”。詩人名叫黃中澤，是清代少有的詩人。
民國時期，法源寺是北京最大的寺院之壹，也曾被軍隊占領。1949後多次維修。1956中國佛教協會在法源寺成立中國佛學院。1963年，來自亞洲11個國家和地區的佛教會議在這裏舉行，成為國際佛教交流的重要場所。文革期間，法源寺遭到嚴重破壞。房頂的六獸，地上的唐宋古跡，殿內的佛像，殿外的紫丁香，青竹，都被毀了，許多外來的和尚貢獻的黃金，手抄的幹貝，葉子都被燒了。1979中國佛教協會建立了中國佛教典籍文物博物館，在這裏建立。