傳至宋代，東觀漢紀失傳較多。《通考經雜史序》引羅鄂州:“願聽蔡仁《文遠》曰:‘東觀漢紀四十三卷，丙子渡河而死。後來拿到了舒版，錯誤幾乎看不懂。我用秘櫃版校對，刪成了八篇。參見唐竹如的引文，並以賈斯汀的《後漢書》和葉凡的《後韓曙》為例。“羅援生於南宋初年，說明北宋末至南宋初年，《東觀漢紀》已失傳至43卷，缺失三分之二以上，就是這個版本，不久也“過江而死”，之後又有蜀本，但錯誤較多，校對後只剩下八本。到了元朝，漢紀的東觀完全失傳了。
《東關漢記》雖然逐漸失傳，但直到唐宋時期仍在流傳，人們在描述東漢歷史事件時仍經常引用其人物。因此，傳世文獻中保存了許多《東關漢紀》的片段。但在清朝之前，很長壹段時間都沒有編制。直到康熙時期，錢塘的姚之編纂了八種有關東漢的史書，其中第壹種是《東漢八卷》，書籍僅限於劉釗的《續漢十記註》、《李習安後漢書註》、《北堂書朝》。乾隆年間，庫官編《四庫全書》，以姚籍本為基礎，參《永樂大典》所有韻部，考其他書以補其不足，增加十分之六，修訂為二十四卷，其中《帝姬》三卷，《年譜》壹卷，《年譜》壹卷，《列傳》十七卷，《實錄》壹卷，《佚文》壹卷。該版本較姚本更為完整，但仍有疏漏之處，如引用了嵇銳、開元、傅、袁海等的部分條目。由於編者所用的《北堂書鈔》是陳的篡改版本，故陳所刪《東關漢記》條目不在此版本之內。
由於圖書館版《四庫全書》存在上述缺陷，近代《東關韓吉》版本仍有進壹步完善的必要。1928年，中華書局的吳淑萍先生和趙明先生開始了對《漢書·東觀》的重新編輯工作。吳淑萍先生確定需要檢索的古籍，趙明先生負責檢索和編纂。從那時起，收回所收集的遺產的工作由中國社會科學院歷史研究所的吳淑萍先生和唐中玉先生共同承擔。《東關韓吉校勘記》第壹版編纂完成後，由中州古籍出版社於1987出版，2009年由中華書局再版。《東莞漢史筆記》重新編輯了《東莞漢史》，姚之謙和《四庫全書》的圖書管理員所用的書全部被查。以前的書用的所謂的書有:《風俗通義》、《世說新語》、《隋書》、《簡史》、《證本草》、《太平宇宙記》、《物之賦》、《物之本原》、《書敘引》、《海中破事》、《錦繡花谷》、《物文薈萃》、《元海錄》。同時，吳淑萍先生在編校《東觀漢記》的過程中，特別註意使用原版的問題。如姚之謙和《四庫全書》館官所引用的《北唐書朝》，用了陳的刻本，也用了《唐書簡》中記載的部分《北唐書朝》。該版本增刪篡改較多，也導致了《東觀漢記》版本的諸多錯誤。吳淑萍先生編校的《漢書東觀史》采用了孔廣陶學派的《北堂書朝》註釋本，還采用了明抄本和活字，取得了許多新成果。其他書也差不多，盡量選擇稀有書籍進行編纂。全書共22卷，體例沿襲《史通》、《後漢書註》、《續漢書八記》司馬彪《劉釗註》、《北堂書朝》所載體例。分為幾個部分:計、表、制、傳，計、表、意、傳。全書人物傳記的編排多參照葉凡的《後漢書》，基本上是按時間順序編排的。但當同壹家族或同壹類型的人參與進來，就打破了時間的界限，前後回到了壹個地方。少數人物年齡不詳，都記載在傳記的最後壹篇。地方誌的編排主要參考了後漢李習安在《蔡邕傳》中所註《東觀漢記》中的地方誌順序，也參考了《韓旭書》中八部地方誌的順序。人物傳記中的漢字順序，參考後漢書，按時間順序逐壹排列。如果個別條目比較短，無法確定事件發生的具體時間，所以都會追加在文章末尾。《東關韓吉校勘記》正文中蔡邕的文字，均在文末註明出處，未被采納的文字，壹律作為校勘經費，並在校勘筆記中說明。