該館投資1億多元，建築面積10000多平方米，展覽面積5000多平方米。設有大運河的發掘與變遷、大運河的利用、沿江城市、運河文化四個展廳。目前，收集和展出的數千件文物和史料充分展示了大運河在中華民族發展史上的地位和作用。以“壹亭、兩區、兩田、三園、六港、十五橋”為核心的運河系列景觀於2006年10月1日正式開放。中國前領導人喬石題寫了博物館的名字。
中國大運河博物館位於浙江省杭州市北部的拱宸橋地區，東臨金華路，南臨衢州街，西臨京杭大運河，北鄰拱墅區政府。它的西邊是古老的陳宮橋。總用地面積52910平方米(含運河文化廣場)，建築面積10.70平方米。博物館建築風格總體定位:“傳統而不復古”運河文化廣場周邊建築呈扇形站立，造型與平坡結合。中國古代傳統建築符號是從立面細節中提取出來的。經過提煉和簡化，室內和室外景觀通過獨特的開放式格局融為壹體，運河、橋梁、船只和港口被巧妙地用作活展品。博物館主要在壹樓，部分在二樓，部分在地下室。壹樓主要是博物館的常規展覽部分，有四個大廳和壹個展廳。二樓主要是資料室、視聽室、辦公室，還有半觀展廳。？[3]?
在博物館展出
中國大運河博物館展區分為五個展廳:
序廳——人間運河，中國大運河；
第壹展廳——運河的發掘與變遷；
第二展廳——大運河的利用；
第三展廳——大運河杭州段綜合保護；
第四展廳-運河文化。
各展廳通過圖片、實物、模型等方式，展示和闡釋大運河豐富的自然和人文景觀。
中國大運河博物館不是壹個簡單普通的博物館。壹方面，它是全方位、多角度反映和展示運河自然特色和人文精髓的大型博物館；另壹方面是運河文物和文獻的收藏和收藏中心，運河文化的研究和展示中心。同時也是運河旅遊的中心樞紐和遊客綜合服務中心。可以說，運河博物館是壹個功能多樣、各具特色的綜合性運河文化中心。