廈門市的文物考古工作，原來壹直由市文物管理委員會辦公室、市博物館等單位負責。為加強我市的文物考古工作，經市文化局申報，中***廈門市委機構編制委員會辦公室於2004年11月3日下發《廈委編辦[2004]70號》文件，作出《關於同意廈門文物鑒定組更名為廈門文化遺產保護中心的批復》，在批復中明確了廈門文化遺產保護中心為全民事業單位，隸屬於市文化局管理，其主要任務是：
1、承擔全市文物調查、考古勘探工作。
2、承擔館藏文物、民間收藏文物和涉案文物的鑒定。
3、承擔廈門古建築及近現代優秀建築的保護和研究。
4、承擔館藏文物的科學保護與研究。2007年6月27日，鄭成功紀念館、文化遺產保護中心並入廈門市博物館。在此期間，廈門文化遺產保護中心在市文化局的領導下，在有關處室的指導和支持下，按照工作職能全面開展各項工作。
廈門的城市改造和基本建設大規模進行，許多地上、地下文物亟待搶救和保護，配合基本建設的工程項目搶救和保護文物成為工作的重點。
為貫徹既有利於基本建設又有利於文物保護的“兩利”方針，文化遺產保護中心配合基本建設項目，進行了多次大規模文物考古調查、勘探和清理發掘工作，取得比較重要的收獲。
其中包括：配合成功大道建設、五緣灣片區開發、仙嶽路改造、嵩嶼電廠擴建、翔安巷南開發區建設、翔安海底隧道建設、華天涉外學院新校區、南洋職業技術學院新校區、廈門公鐵大橋、廈漳公路大橋、湖邊水庫改造等多項大中型基本建設項目，既按時完成了考古工作，保證了工程建設的順利進行，同時又搶救和保護了國家珍貴的歷史文物。根據市政協的提案，對翔安區進行了全面的文物調查，取得了重要收獲，受到翔安區文化主管部門的表揚。對唐代“陳元通夫婦墓”的清理發掘，是福建省最重要的唐代考古發現，出土了長沙窯褐綠彩瓷罐、邢窯瓷碗、摩羯紋銀碗、銀多曲長杯、銀筷、銀簪、銀笄、銀則、銅鏡、青釉雙系罐、青釉四系罐、帶蓋大陶倉、墓誌銘等壹批珍貴文物。對宋代“陳義墓”的清理發掘，出土了天藍色琉璃配飾、瓷碗等文物，對出土的墓誌銘進行辯識後，訂正了墓主的身份。對明代廈門城遺址的兩次清理發掘，了解了城墻結構，對建造的年代進行了分期，出土了明代鳥槍的槍身等文物，依據發掘的資料制訂了廈門城的保護維修方案。對思明監獄舊址的發掘，了解了監獄修建的年代及結構，對監獄的研究和保護維修發揮了重要作用，是利用考古學方法研究和保護近現代文物的良好探索。考古調查的面積達到400多平方公裏，考古勘探面積約30萬平方米，清理發掘古代墓葬120余座。
為進行古建築的保護維修，與山西省古建保護研究所合作編制了廈門江夏祭祖堂、海滄奎星樓的修繕工程設計方案。組織專業人員對磐石炮臺遺址進行了測繪，制定了保護維修方案。對有
相當重要價值的又可能被拆毀歷史建築進行了實測，以便作為資料保存下來，其中包括：前埔林氏小宗、鐘宅大夫第、鐘宅九十九間房、廈港盧厝等。還配合基本建設項目，實測古代民居20余座。
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