吳昌碩最擅長寫意花卉，受徐渭和八大山人影響最大，由於他書法、篆刻功底深厚，他把書法、篆刻的行筆、運刀及章法、體勢融入繪畫，形成了富有金石味的獨特畫風，他自己說：“我平生得力之處在於能以作書之法作畫。”他常常用篆筆寫梅蘭，狂草作葡萄。所作花卉木石，筆力老辣，力透紙背，縱橫恣肆，氣勢雄強，布局新穎，構圖也近書印的章法布白，喜取“之”字和“女”的格局，或作對角斜勢，虛實相生，主體突出。用色上似趙之謙，喜用濃麗對比的顏色，尤善用西洋紅，色澤強烈鮮艷。名重當時的畫家任伯年對吳昌碩以石鼓文的篆法入畫拍案叫絕，並預言其必將成為畫壇的中流砥柱。吳昌碩作畫用“草篆書”以書法入畫；線條功力異常深厚。雖然從狀物繪形的角度看其線條的質感似乎不夠豐富、切實，但恰恰是舍棄了形的羈絆，吳昌碩的繪畫才步入了“意”的廳堂，從而形成了影響近現代中國畫壇的直抒胸襟，酣暢淋漓的“大寫意” 表現形式。
吳昌碩繪畫的題材以花卉為主，學畫較晚，40歲以後方將畫示人。前期得到任頤指點，後又參用趙之謙的畫法，服膺於徐渭、朱耷、揚州八怪諸畫家的畫藝，從中受惠甚多。他酷愛梅花，常以梅花入畫，用寫大篆和草書的筆法為之，墨梅、紅梅兼有，畫紅梅水分及色彩調和恰到好處，紅紫相間，筆墨酣暢，富有情趣，曾有“苦鐵道人梅知己”的詩句，借梅花抒發憤世疾俗的心情。又喜作蘭花，為突出蘭花潔凈孤高的性格，作畫時喜以或濃或淡的墨色和用篆書筆法畫成，顯得剛勁有力。畫竹竿以淡墨輕抹，葉以濃墨點出，疏密相間，富有變化，或伴以松、梅、石等，成為“雙清”或“三友”，以寄托感情。菊花也是他經常入畫的題材。他畫菊花或伴以巖石，或插以高而瘦的古瓶，與菊花情狀相映成趣。菊花多作黃色，亦或作墨菊和紅菊。墨菊以焦墨畫出，菊葉以大筆潑灑，濃淡相間，層次分明。晚年較多畫牡丹，花開爛漫，以鮮艷的胭脂紅設色，含有較多水分，再以茂密的枝葉相襯，顯得生氣蓬勃。荷花、水仙、松柏也是經常入畫的題材。菜蔬果品如竹筍、青菜、葫蘆、南瓜、桃子、枇杷、石榴等也壹壹入畫，極富生活氣息。作品色墨並用，渾厚蒼勁，再配以畫上所題寫的真趣盎然的詩文和灑脫不凡的書法，並加蓋上古樸的印章，使詩書畫印熔為壹爐，對於近世花鳥畫有很大的影響（見彩圖《歲朝清供圖》（清））。
▲繪畫作品
《天竹花卉》、《紫藤圖》、《墨荷圖》、《杏花圖》、《花卉十二屏風》、《梅花》、《花卉四屏》、《牡丹》、《蘭石圖》、《松石圖》、《花卉》2幅、《紫藤圖》、《雜畫冊(之—、二)》、《依樣》、《天香露圖》、《杞菊延年》、《泥盆菊草圖》、《牡丹圖》、《牡丹水仙圖》 、《大富貴》、《佛像圖》、《富貴神仙圖》、《紅梅圖》2幅、《薔薇蘆桔圖》、《秋艷圖》、《三千年結實》、《人物》、 《三千年結實之桃》、《神仙福壽》、《石梅》、《石竹圖》、《松梅圖》、《歲寒交圖》、《桃石圖》、《瓜果》、《燈下觀書》、《姑蘇絲畫圖》等。