北宋末年，張擇端在完成《清明上河圖》後，首先將它呈獻給了宋徽宗趙佶。宋徽宗因此成為此畫的第壹位收藏者。
後來，據《向氏評論圖畫記》中所記載向家的收藏品中，《清明上河圖》在宋徽宗崇寧末至大觀初時期，已為向氏所藏了。
1127年，靖康之變後，宋代內府所收藏的法書名畫，全被金人運往北方，藏於金內府中，並詔金代文學家、書畫家王庭筠和秘書郎張汝方***同品鑒。而《清明上河圖》則因向氏族人等在淮陽死後，被金人掠去北方金國民間。
1271年，《清明上河圖》則被收入了蒙古人的“秘府”，但實際所藏的是壹幅贗本。據史料記載，《清明上河圖》在裝裱時，就被官匠裝池者用壹幅偽本掉了包，真本則被他賣給了壹位朝廷官員。而得到那幅《清明上河圖》真本的官員在任真定，就是後來的河北正定太守時，把這幅畫就帶到了真定。但在其任職期間，替他負責保管這幅畫的人又偷偷地把這幅畫賣給了後來的杭州畫家陳彥廉，因此《清明上河圖》又流傳到了杭州。
1351年，楊準來到了杭州。當他見到《清明上河圖》後，立即花巨資購買了去，並於1352年帶去了江西西昌。
1365年，《清明上河圖》收藏在靜山周氏家中。
明代初期，《清明上河圖》由大理寺卿朱鶴坡、大學士徐溥收藏。
1451年，徐溥臨終時，他將《清明上河圖》贈給了明代書法家李東陽。
1460年，經藍氏、吳氏收藏過。現可以看到卷後張著題跋前左數第二排第三夥鐘形印，即“吳氏家藏”，左數第四排第四印應是“藍氏珍玩”。
1491年，流入京師，再入朱文徵家。
明代中後期，明代著名畫家仇英根據北宋時期張擇端的《清明上河圖》這壹題材，並參照其構圖結構，以明代蘇州城為背景，采用青綠重設色方式，重新創作了壹幅全新的，風格與宋本迥異的“仇英仿本”畫卷。
該仿本也是後世眾仿作鼻祖。據明人筆記載，當時各種以“仇英仿本”此為藍本的仿作層出不窮，壹時間成為達官豪門相互饋贈的高檔禮物。後來，“仇英仿本”被收藏在臺北故宮博物院。
1524年，被兵部尚書陸完收藏。陸完死後，其兒子急等錢用，便將《清明上河圖》賣至昆山顧鼎臣家，後被嚴嵩父子強行索取。
明代隆慶時期，嚴嵩父子被禦史鄒應龍彈劾，其家產被籍沒，《清明上河圖》於1565年入明代內府。
1578年，《清明上河圖》由內府轉入明代司禮監馮保手上，直至1582年。在馮保題字後4年，即1582年張居正卒，神宗漸長。不久，馮保便失勢，家產被查抄，《清明上河圖》再次流轉。
1644年，清代以後，《清明上河圖》為安徽相鄉人、乾隆時進士陸費墀收藏。
1773年，《清明上河圖》真本為《四庫全書》編修陸費墀所得。
1790年至1794年之間，《清明上河圖》為湖廣總督畢沅所得。
1799年，也就是畢沅死後第四年，其家產被籍沒，《清明上河圖》第四次進宮。
此後，《清明上河圖》壹直在清宮珍藏，直至清代末期。後來，《清明上河圖》再遭劫難。離開了皇帝寶座的溥儀利用自己的皇權，從1922年11月16日開始，到1923年1月28日的73天時間裏，以“賞賜”其弟愛新覺羅?溥傑的名義，將書畫手卷1285件，冊頁68件移出皇宮。其中，就有張擇端所畫的《清明上河圖》。
此後，《清明上河圖》先存在天津租界的張園內，度過了7年多的時光，後來又被帶到了長春，當成了贗品處理，並存放於東北博物館，在“輯熙樓”庫房度過了長達13年4個月的歲月。
此後，《清明上河圖》從庫房的贗品堆裏鑒定出真跡，後調到北京故宮博物院珍存。