壹天，酒保戴斯蒙德·邁爾斯被壹個名為“艾斯爾戈”的國際制藥集團綁架。另壹名研究員告訴邁爾斯，他實際上是古代刺客大師的直系後裔，需要分析他的DNA來提取祖先的記憶，因為他的祖先牛郎星知道伊甸園碎片的下落。通過這種方式，洗者可以找到這件藝術品的線索。雖然邁爾斯對自己被綁架非常憤怒，但他還是被研究人員強行塞進了虛擬機Animus，回到了12世紀的中東。12世紀，聖殿騎士和刺客聯盟的鬥爭還在繼續。邁爾斯作為刺客大師的後代，找到了祖先牛郎星的記憶。牛郎星屬於阿薩辛，壹個刺客組織，他的主人穆阿利姆壹直在尋找伊甸園的碎片。這個神器的力量就是給人錯覺，從而控制人的思想。為了阻止第三次十字軍東征，維護和平，牛郎星以大師的名義接連殺死了9名聖堂武士。當牛郎星成功殺死九個目標後，他才漸漸意識到自己被騙了:原來有十個人找到了當年伊甸園的壹個片段，而這十個人就是九個被殺死的騎士和他們的主人穆阿利姆。他利用牛郎星刺殺9名騎士，只為壹人吞下伊甸園的碎片，然後通過這個神器控制人們的思想，實現自己的獨裁之夢。得知這壹切，牛郎星非常震驚。他趕回刺客總部質問師傅，但達到目的的師傅早已不顧牛郎星生死，於是師傅和徒弟打了起來。最後，牛郎星成功殺死穆阿利姆，得到壹些伊甸園的碎片並掩埋，成為刺客聯盟的新領袖。回到現代的邁爾斯，我也了解到了艾斯爾戈的計劃:他們想通過邁爾斯的DNA知道伊甸園碎片的下落，找到並使用神器控制人類的思想，目的和當年的穆阿利姆壹樣。艾施爾戈現在有壹些伊甸園的碎片，邁爾斯被綁架只是為了通過他找到牽牛星埋葬的碎片。這時，asur go的研究員露西也向邁爾斯表明了自己的身份。原來，她是壹名潛伏在埃西爾戈的間諜，真實身份也是刺客聯盟的成員，只是為了幫助邁爾斯逃離這裏。經過阿尼姆斯的實驗，邁爾斯以壹種非常奇怪的方式獲得了祖先“鷹眼”的神奇能力，通過它他在實驗室休息室裏發現了這個秘密。原來，在他來到這裏之前，已經有16名刺客後代被陸續綁架到這裏，實驗結束後被殺。休息室的墻上貼滿了他們的遺言。當這壹切結束時，邁爾斯試圖在露西的幫助下逃離實驗室。
刺客信條2
成功逃離實驗室後，邁爾斯和露西來到壹個藏身之處，那裏有壹臺Animus2.0虛擬機。露西讓邁爾斯進入其中，回到了古代，並通過祖先的記憶繼續獲得了伊甸園碎片的線索，通過探索未知的記憶獲得了祖先的刺客技能(邁爾斯在前作中已經獲得了牛郎星的鷹眼)。這次戴斯蒙德·邁爾斯回到了意大利文藝復興時期，得到了牛郎星(繼牛郎星之後的另壹個祖先)的直系後裔埃齊奧的記憶。文藝復興時期，埃齊奧住在義大利。他的父親喬瓦尼·奧迪托雷表面上是個銀行家，但實際上是個刺客。埃齊奧不愁吃穿，過著貴族般的生活。突然有壹天，喬凡尼被出賣了，不僅刺客的身份被揭露，整個家族也深受其害。幸存下來的埃齊奧根據父親生前的提示得知了家族的秘密:他們家族是壹個秘密的刺客組織，在每壹代刺客中，有四男兩女，六個刺客大師和壹個真祖(牛郎星轉世，埃齊奧是這壹代的真祖)。在夥伴們的幫助下，迅速成熟的埃齊奧學會了高超的刺客技能，並繼承了家族的遺產。埃齊奧後來得知，壹件名為“伊甸園碎片”的神器散落在各處。把這些碎片放在壹起就是壹個“金蘋果”，通過它可以控制人類的思想。在連續暗殺了許多敵人後，埃齊奧來到了聖殿騎士亞歷山大六世。他明白了金蘋果需要壹根權杖來發揮它真正的力量。埃齊奧跟隨力量到了壹個外星女人的形象，知道了人類的起源，但是在問這個形象已經消失之前還有更多的疑問。當邁爾斯回到現代後，他得知秘密的藏身之處已經被艾斯格發現，於是大家又開始逃亡。在逃亡途中，邁爾斯通過“鷹眼”和埃齊奧的刺殺技巧成功脫險。