《塞爾達傳說:時間之笛》由幾位主管負責，這是當時任天堂信息開發部門的新戰略。當時，擔任《超級馬裏奧64》總監制的著名遊戲制作人宮本茂也是《塞爾達傳說:時間之笛》的制作人之壹。他帶領幾個主管負責開發。後來，由於生產進度落後於預期，宮本茂加入了開發陣營，為生產提供了更多的方向。雖然開發團隊對3D遊戲並不熟悉，但助理主管龔永珍回憶說，當時團隊有壹種激情，“想創造壹些新奇的、前所未有的東西”。宮本茂原本計劃將《塞爾達傳說:時間之笛》制作成第壹個視點遊戲，讓玩家更容易接受海拉爾平原的廣闊地形，開發團隊可以專註於敵人和環境的開發。但是當遊戲故事有小鏈接的形象時，宮本茂和開發團隊都認為鏈接必須出現在遊戲屏幕上。開發團隊* * *擁有超過120名成員，包括幫助捕捉林克戰鬥和動作的特技演員。因為制作時間緊張，宮本茂原本打算用於《塞爾達傳說》新作的壹些想法竟然被用在了首發的《超級馬裏奧64》中，而其他的新想法並沒有付諸實踐。
《塞爾達傳說:時間之笛》和《超級瑪麗64》本來是用同壹款遊戲引擎制作的，但是因為在制作《塞爾達傳說:時間之笛》的時候遊戲引擎修改太多，宮本茂認為這兩款遊戲是用完全不同的遊戲引擎制作的。其中壹個主要的區別在於兩者的鏡頭控制。《超級馬裏奧64》的玩家可以更多的控制鏡頭，但是《塞爾達傳說:時間之笛》的鏡頭主要是由遊戲的人工智能控制的。宮本茂表示，《超級馬裏奧64》的鏡頭聚焦於主角馬裏奧，而《塞爾達傳說:時間之笛》的鏡頭聚焦於遊戲世界。他想制作壹部類似電影但又不同的《塞爾達傳說》遊戲。為遊戲制作過場動畫的何喬嶽說，他的首要任務是讓玩家有壹種真正控制角色動作的感覺。正因如此，《塞爾達傳說:時間之笛》中的所有過場動畫都是以實時計算的形式制作，沒有預先錄制，也沒有全動作動畫。
預購《塞爾達傳說:時間之笛》的顧客將獲得該遊戲的限量版，盒子上有壹張金色塑料卡片，標明“珍藏版”。裏面的遊戲卡帶也是金色的，這是從第壹代塞爾達傳說(紅白機)開始的傳統。預購反響非常熱烈，壹些遊戲零售商甚至在遊戲正式發售前20天就停止接受預購(即1998 11.3)。
後來發布的版本有幾處修改，比如把火神廟背景音樂中的穆斯林歌唱部分去掉，把根多夫的血從紅色改成綠色。《塞爾達傳說:時間之笛》的音樂由近藤浩治作曲，他自《塞爾達傳說》系列出道以來壹直負責音樂創作。遊戲中，除了個別角色有自己的音樂主題外，海拉爾不同的地方也以不同風格的音樂為主角。這是主旋律的相反應用——音樂的主題不是用來表現角色的出場，而是表現角色已經到達了某個地方。遊戲中某些地方的主題音樂實際上是林克學到並演奏到那個地方的陶笛歌曲的變體版本。塞爾達傳說的音樂:時間之笛除了營造場所的背景氛圍，還是遊戲的重要組成部分。這部作品被認為是“第壹部以音樂表演為主線的當代非舞蹈遊戲”(“第壹部以音樂制作為遊戲玩法壹部分的當代非舞蹈遊戲”)。任天堂64的控制器按鈕的排列類似於陶笛，因此玩家可以模仿陶笛的技術來“演奏”遊戲中的旋律。玩家必須學習幾首曲子才能完成遊戲。遊戲中的音樂主要由五個音調組成(對應控制器上的五個按鍵)，利用控制器上的模擬搖桿可以達到變調的效果。近藤浩治認為在有限的音域內創作不同的主題音樂是最大的考驗，但最終的結果是自然而然的。由於《塞爾達傳說:時間之笛》的流行，在此期間陶笛的銷量也有所增長。
配樂專輯《塞爾達傳說:時光之笛》由寶琳佳音制作，於1998 18年2月18在日本發行。* *包含82個軌道。許多評論對遊戲音樂贊不絕口，但著名遊戲網站IGN卻對這裏沒有使用《塞爾達傳說》系列的傳統主題音樂表示失望。2001年，另壹個遊戲網站GameSpot將《塞爾達傳說:時間之笛》的配樂列為電視遊戲十大最佳配樂之壹。