1. 始建時間、背景及相關人士情況
杭州孔廟，始建何時何地，目前尚難定論。有關杭州孔廟最早的記載見於北宋，當時稱“至聖文宣王廟”。北宋範仲淹《代胡侍郎奏乞余杭州學名額表》中稱：“前知州李諮在任日，重修宣聖廟，建置學舍數十廈，面勢顯敞，允為儒官，足容弦誦之流，回處雲山之勝。”而乾隆《杭州府誌》卷十《學校》亦載：“《文獻通考》，杭州學始元豐元年（1078年），而範文正表乃言‘李諮修宣聖廟，建置學舍’，據諮知杭州在仁宗天聖六年（1028年），則自藩鎮初詔時杭學已建矣。”至於杭州孔廟的最初地點，據南宋《乾道臨安誌》載，“至聖文宣王廟，舊在府治之南”，而《淳佑臨安誌》載，“府治，舊在鳳凰山之右，自唐為治所”。可見，杭州孔廟至遲建設於北宋仁宗年間（1023-1063），在鳳凰山麓壹帶。
2. 經歷擴建或者改建
臨安府學在南宋經歷過數次擴建，特別是兩次較大規模的建設尤為重要。壹次在嘉定九年（1216年），府學教授袁肅、黃灝因府學地勢低窪，道路狹小，因此報請朝廷，朝廷準奏，豎戟門、欞星門、柱廊廡，建廳堂，立祠架閣。另壹次在淳祐六年（1246年），宋理宗禦書“大成之殿”、“養源堂”二匾及禦制《道統十三贊》刻石賜於臨安府學，府學借皇恩重修擴建。擴建後的臨安府學規模宏偉，“闡基崇寧，萬目俱瞻”。
元代將學宮稱為廟學，杭州路廟學經歷多次劫難，幾經重建，終形成“廟居中，其西為學，東為教官之署”的規模，時有“雄偉壯麗，甲東南為傑觀”之稱。
明代，廟學改稱府學。地方官吏十分重視府學的重建、擴建，杭州府學規制也愈加恢弘。據《萬歷杭州府誌》載：洪武八年（1375年），詔郡縣立學，知府王德宣奉詔重修廟學。永樂十七年（1419年），杭州孔廟遭火災，僅留戟門，宣德三年（1428年）才由巡撫熊概集資重建。此次重建歷時三年，“先後捐資，次第而新之。始禮殿、次廊廡、次明倫堂、次崇文閣、又次而穿堂，及門宇垣墉之屬，無不畢舉”。景泰四年（1453年）至七年（1456年），使察使陳璇鼎新廟學，孔廟“中為禮殿，翼以兩廡，而門其前者三，所以供祭而至齋者，各有其處”。成化二十壹年（1485年）、弘治十年（1498年）又進行了兩次較大規模的修建。正殿十二年（1517年），監察禦史宋廷佐繳知府留誌淑遷仁和縣學所藏《南宋太學石經》、《表忠觀碑》、《道統十三贊》及其李公麟所繪圖像刻石於杭州府學，杭州府學地位更顯突出。
清代從康熙帝起，歷代帝王都為杭州孔廟頒賜過匾額，乾隆三年（1738年），乾隆帝特別下詔易杭州孔廟大成殿為黃瓦。浙江各府文人學士也以親臨杭州府學為幸事。官吏頻繁修葺府學，大規模修建就有15次。
上世紀70年代末，省、市政府決定對大成殿經行全面整修，同時利用孔廟內原收藏的大批古碑和歷年來各地發現和收集佚散碑石，把杭州孔廟改建成杭州碑林。1983年杭州碑林建設工程正式啟動。1986年大成殿維修工程竣工，又陸續建造了天文星象館、碑廊、碑亭等配套建築，至1989年，杭州碑林壹期工程全面完工並對外開放。
隨著時代的發展，杭州市委市政府越來越關註孔廟的復建。2001年，杭州孔廟復建立項，2007年工程開工，2008年9月28日正式對外開放。復建後的杭州孔廟占地面積1.32公頃，總建築面積達5581平方米，其平面布局和建築風格依據傳統格局、文化傳承、文物內涵以及江南園林特色，由東、西兩個既相互聯系又相對獨立的區域組成。同時有機地與整個西湖自然風景融為壹體，成為西湖文化遺產不可分割的部分，也是海內外儒學研究與文化交流的絕佳之地。