幾乎每壹個在二戰中為第三帝國服役的德國士兵都接受過使用這種步槍的訓練。事實上，對於很多人來說，這是他們在整場戰爭中唯壹使用過的武器。隨著戰爭的進展，毛瑟步槍被賦予了更廣泛的用途。比如Kar 98k步槍加ZF41或者ZF42瞄準鏡後，就可以當狙擊槍用了。對於壹個經驗豐富的狙擊手來說，配備四倍瞄準鏡的毛瑟Kar 98K狙擊步槍可以射擊400米處的目標，如果選擇6倍瞄準鏡，可以射擊1000米處的目標。戰爭期間，* *有129468毛瑟Kar 98K狙擊步槍裝備部隊。活躍在前線的德軍狙擊手給盟軍造成了巨大損失。同時，98K步槍在槍口安裝榴彈發射器後，還可以發射高爆榴彈和穿甲榴彈。這項工作由步槍班受過特殊訓練的士兵來完成。德國士兵經常稱贊他們的98k步槍很準。整個98步槍系列依靠壹個簡單的操作來保證其精度，雖然是以犧牲射擊速度為代價，而英國的林菲爾德步槍可以在壹分鐘內發射更多次。98k V型相機門可以瞄準100到2000m的範圍。二戰初期，德國國防軍使用2769533支98k步槍。此後，直到戰爭結束，又有754058臺交付陸軍(其中狙擊臺12萬臺)。空軍贏了925984，海軍贏了191250。黨衛軍也用了62600。平均每支步槍需要70德國馬克。1944年，生產了200多萬只Kar 98k，年產量達到歷史峰值。98k在十年的生產中經歷了幾次改進。許多改進旨在降低制造成本。但由於原材料短缺，時間短，技術欠缺，隨著戰爭的進展，這種步槍的制造工藝也越來越粗糙。1944之後生產的毛瑟步槍質量每況愈下。比如把昂貴的木托和其他木質零件換成了很薄的木頭，把木托底部改成了杯形沖壓件，把前護箍從切割件改成了點焊，把彈匣底部和護弓也改成了鋼制沖壓件。第三帝國崩潰前夕生產的壹些Kar 98K步槍甚至省略了刺刀座。
盡管性能和戰績都很出色，但人們很快意識到這種帶旋轉後拉機的步槍已經過時了。主要問題是它的射速太低。戰爭初期，面對波蘭和其他歐洲國家的微弱抵抗，毛瑟步槍的射速足夠了。再加上戰術運用得當，綽綽有余。即使面對蘇軍，由於當時蘇軍使用的莫辛納甘步槍也是手動發射，毛瑟步槍也沒有吃虧。但是，戰局在發展，同盟國憑借其強大的經濟技術力量，不斷更新軍事裝備。蘇軍很快將SVT40半自動步槍投入使用。德軍經常在射速上遭受損失。面對美軍使用的M1加蘭步槍，我們也面臨同樣的問題。另壹個問題出現在狙擊戰中。在與蘇聯的狙擊戰鬥中，使用毛瑟步槍的德國士兵必須在射擊完成後手動重新裝彈。拉動槍機發出的聲音在寂靜的森林中特別清晰，所以蘇軍士兵可以輕松定位德軍士兵，而蘇軍使用的是狙擊型的SVT，無需手動裝彈。就這樣，德國人吃了大苦頭。
德國人開始尋找壹種能提供更強大火力、更經濟的步槍來替代毛瑟98K。同時，毛瑟公司和沃特公司推出了G41半自動步槍，但毛瑟公司的產品在競爭中失利。沃爾特公司後來繼續推出G43半自動步槍，取代毛瑟98K成為陸軍的標準裝備。戰爭末期，Stg44突擊步槍出現，德軍火力大幅提升。然而，隨著戰爭接近尾聲，德國已經面臨物資短缺。同時，由於盟軍的轟炸，許多兵工廠失去了生產能力，使得上述武器的生產跟不上軍隊的需求。這樣，毛瑟步槍壹直生產到第二次世界大戰結束。