南宋嘉定三年（1210年），樓璹之孫樓洪、樓深等以石刻之傳於後世，南宋理熙元年（1237年）有汪綱木刻復制本。宋以後關於本書的記載已不多見，較著名的有南宋劉松年編繪的《耕織圖》，元代程棨的《耕織圖》45幅。明代初年編輯的《永樂大典》曾收《耕織圖》，已失傳。明天順六年（1462年）有仿刻宋刻之摹本，雖失傳，但日本延寶四年（1676年）京都狩野永納曾據此版翻刻，今均以狩野永納本《耕織圖》作樓璹本《耕織圖》之代表。
清康熙二十八年（1689年）康熙帝南巡時，江南士子進獻藏書甚豐，其中有“宋公重加考訂，諸梓以傳”的《耕織圖》。康熙帝即命焦秉貞據原意另繪耕圖、織圖各23幅，並附有皇帝本人的七言絕句及序文。繪畫內容略有變動，耕圖增加“初秧”、“祭神”二圖，織圖刪去“下蠶”、“餵蠶”、“壹眠”三圖，增加“染色”、“成衣”二圖，圖序亦有變換。宋、清《耕織圖》的布景與人物活動大同小異，但焦圖畫中的風俗易為清代，所繪更為工細纖麗，在技法上還參用了西洋焦點透視法。
《耕織圖》初印於康熙三十五年（1696年），後又出現了很多不同版本，木刻本、繪本、石刻本、墨本、石印本均行於世。如康熙年間的康熙三十八年（1699年）張鵬翮刻本，康熙五十壹年（1712年）內府刻本，雍親王胤禛絹底彩繪本，康熙五十三年（1714年）歙縣汪希古恭摹刻48塊墨板，宮廷繪白描本等，乾隆年間的康熙、雍正、乾隆三帝題詩刊本，清內府刻《授時通考》本，袖珍彩繪本，乾隆四年（1739年）清內府圖為木刻、詩為石刻的經折裝本，乾隆三十四年（1769年）北京刻朱墨套印本，楊大章彩繪本，乾隆三十四年（1769年）高宗命畫院據元代程棨本臨摹之《耕織圖》，石刻嵌在皇家清漪園延賞齋左右廊壁的拓本，乾隆三十五年（1770年）徽州守臣摹刻的墨版。此外，還有嘉慶十三年（1808年）《耕織圖詩》補刊本，同治十壹年（1872年）刊本，光緒五年（1879年）上海點石齋《禦制耕織圖》石印本，光緒十壹年（1885年）上海文瑞樓本，光緒十二年（1886年）上海點石齋石印本。民國時期也有多種版本，較著名的為武進陶蘭泉刊本；日本、朝鮮、琉球等國亦有《耕織圖》的摹本、翻刻本。