然而，這些歷史檔案由於數百年來的自然和人為破壞，特別是經歷了清末至全國解放前30多年的流散變遷，損失巨大，殘缺不全。其中，內閣金庫的檔案歷史最早，損失最重。中國現代文化史上最大的“八千麻袋事件”是內閣財政部的檔案。
今天，在黨和國家的關心和重視下，明清檔案不僅實行集中管理，而且政府還多次撥出巨資修建了較為現代化的檔案庫房，更新了所有的保管設備，並調配了大量的人力物力對這些歷史檔案進行整理、編輯和出版， 並培養和建立了壹支從事明清歷史檔案的專業隊伍，使這些古代公文盡快得到利用和發揮作用。 如此巨量的明清歷史檔案，基本上都是有章可循、看得見的，按照形成檔案的機構進行了分類、歸檔、編目、保管和閱覽。這些檔案的原始機構有70余個，包括:明朝檔案館、清朝內閣檔案館、清朝軍部檔案館、清朝內務府檔案館、清朝皇宮各處檔案館、清朝仁孚檔案館等。並負責內閣、畢、高級顧問、吏部、戶部、學位科、禮部、兵部、戰部、刑部、法部、業部、商業部、農業、工商部、學部、外事部、民政部、巡警部、郵政部、後勤部、都察院、音樂部、翰林書院。宰相訓練處、稅務處、財務處、考試處、八旗總政處、步軍司令部政務處、管理前鋒警衛等營務尚書處、姬神營、衛稅營、火器營、警衛處、上虞預備處、警衛訓練處、欒義威，還有大清銀行、史靜高審處、總檢察廳、北京巡撫處、北京防衛營處、北京善後協巡撫處、禁煙總局、順天府、路暢鹽運處、 馮靜恩軍鎮督察署、北洋督察署、山東巡撫署、黑龍江巡撫署、寧古塔副指揮所、阿拉楚卡副指揮所、琿春副指揮所、秦春宮。 下面，我們將對這些案例中包含的文檔類型及其主要內容進行大致介紹。