1.就地保存
原位保護是指在原有的自然生態環境中采取措施保護和保存果樹種質資源。
原地保存的方法有建立各級自然保護區(果樹)，人工圍封珍貴古樹和栽培果樹的珍稀優良植物等。
原位保存的優點是可以使種質資源在適宜的自然生態條件下生存和進化，有利於保持種質的穩定性和連續性；使用的成本更低，節省的個體更多；研究它的起源、演化和生態條件是有益的。
原地保存的缺點是種質資源所處的環境往往比較偏僻，難以管理和調查，占地面積大。如遇火災、地震、洪水或火山爆發等自然災害，容易遭到破壞，造成種質損失。
2.遷地保護
遷地保護是指將果樹種質資源移出其原居地或次生地，移植到種質資源圃、品種圃或原材圃進行保護和保存。
遷地保護的方法是建立具有壹定面積和規模的果樹種質資源圃，如林木種質資源圃、種質庫、原材圃、品種園、母源園等，種植和保存果樹種質資源。
遷地保存的好處是可以集中保存大量的果樹種質資源；采取良好的栽培措施；便於果脯果樹種質資源的系統觀察、評價和鑒定；直接為育種和生產提供所需的種質材料。
遷地保護的缺點是管理困難，投資大，成本高；覆蓋面積大，易受自然災害，造成種質損失；單個物種或品種所保存的植物數量是有限的。
需要註意的是，栽培品種、雜交種(或人工創造的品種)和野生種應在原種質圃內不同區域種植觀察(表2-3-4、表2-3-5、表2-3-6)。要及時進行管理，保證植物的正常生長和結果。野生果樹壹般不修剪。
表2-3-4果樹原料園苗木生物學特性記錄表1
引自《果樹研究法》，1979，華中農學院編著。
表2-3-5果樹原料園苗木生物學特性記錄表2
引自《果樹研究法》，1979，華中農學院編著。
表2-3-6果樹原料園嫁接樹生物學特性記錄表
表2-3-6果樹原料園嫁接樹的生物學特性(續)-1
引自《果樹研究法》，1979，華中農學院編著。
3.體外保存
離體保存是指在適宜的條件下，利用種子、花粉、分生組織、根和莖等組織或器官保存種質資源。
離體保存方法包括種子保存、花粉保存、營養體保存、分生組織保存等。
離體保存的優點是保存的種質數量多；易於管理和妥善保存；節約土地和勞動力；避免惡劣條件的影響；可以保存無毒的種質等。
體外保存的缺點是需要特殊設備；受過培訓的技術人員；經常保持種質活力的技術；特別需要註意的是，保存的種質可能含有異常細胞，以及在貯藏期間發生形態變異或遺傳變異的可能性。到目前為止，所有種質的離體保存技術還不成熟和完善。