在東京西本的壹個神社裏，三個可疑的男人正在秘密交談。突然，壹個戴著面具的黑衣人出現，用日本刀和弓箭瞬間殺了三個人；與此同時，大阪和京都也發生了殺人事件。警方調查後發現，遇害的5人均為“源氏螢火”成員，這是壹個經常出沒於東京、大阪和京都，專門盜竊著名佛像和藝術品的盜竊集團。本群以日本歷史上最著名的悲情武將易井吉的故事命名。其首領改名易經，下屬以化慶為首，各有大將之名。另壹方面，小五郎帶著柯南、小蘭和花園來到京都。八年前，京都古剎善能寺的壹尊國寶佛像被盜。寺院住持委托他們解讀壹幅可以判斷佛像藏匿地點的神秘畫像，於是請來小五郎幫忙。柯南懷疑佛像被盜竊集團源氏螢火盜走，事件開始向破解方向進展。然而，當他到達京都最著名的五橋，易經和化慶的歷史遺跡時，壹個拿著竹刀的人突然襲擊了他！瞬間躲過攻擊的柯南看到這個人時非常驚訝。那個人原來是服部平次，壹個西部高中生偵探，又名工藤新壹。同時，他也是少數幾個知道柯南是工藤新壹的人之壹。為了追尋大阪盜竊集團成員被謀殺的真相，他也來到了京都。他總是和柯南以及平治打架。這壹次，為了查明事件真相，他決定聯合調查。然而，他們萬萬沒想到，那個戴著面具的黑人會出現在他們面前！在京都密集的路口，隱藏在歷史陰影中的謎題和陷阱將襲擊柯南壹行！艱難的事件，細膩的推理，友情，愛情，所有的主角都在這裏！柯南的身體終於變回了工藤新壹...
工藤有希子出現了。
043綁架江戶川·柯南
096絕望偵探連續兩起重大殺人案(2小時特輯)
144從上野出發，北鬥星3(第壹部)
145從北鬥星3上野出發(第二部分)
193約定的危急生命復活的地點
286工藤新壹事件(事件)
287工藤新壹紐約事件(推理)
288紐約工藤新壹事件(解決方案)
333類似女王陛下(第壹部分)
334類似女王陛下(下)
335杜東發展學院的秘密(上)
336杜東發展學院的秘密(下)
月圓之夜345與黑組織面對面的雙重奧秘(2.5小時特輯)
346尋找P股上的印記(上)
斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧(序曲)(回憶)
418米花鎮閣樓上的房子
472工藤新壹少年時代的冒險(第壹部分)
473工藤新壹少年時代的冒險(下)
490服部平次vs工藤新壹滑雪場推理對抗