水稻種子具有下列貯藏特點，需要註意：
（1）耐藏性。水稻種子為穎果，子實由內外稃包裹著，稃殼外表面被有茸毛，吸濕性較小，水分相對穩定，在風幹揚凈的情況下貯藏較穩定。由於稻殼外表面披有茸毛，形成的種子堆較疏松，孔隙度壹般為50%～65%，因此，貯藏期間種子堆的通氣性較其他種子好。同時，由於種子表面粗糙，其散落性較其他禾谷類作物種子差。因此，對倉壁產生的側壓力較小，適宜高堆以提高倉庫的利用率。
新收獲的稻種生理代謝強度較大，在貯藏初期往往不穩定，容易導致發熱，甚至發芽、發黴。早、中稻種子在高溫季節收獲進倉，在最初半個月內，上層種溫往往因呼吸積累而明顯上升，有時超過倉溫10～15℃。即使水分正常的稻谷也會發生這種現象，如不及時處理，就會使種子堆的上層濕度越來越高，水汽積聚在籽粒的表面形成微小液滴，即所謂“出汗”現象。水稻種子發芽需水量少，通常含水量只需23%～25%便會發芽，因此，在收獲時如遇陰雨天氣，不能及時收獲、脫粒、攤曬，在田間或場院即可生芽；入庫後，如受潮、淋雨也易生芽。
（2）易受凍害。我國東北地區由於霜期來得早，尤其是晚熟品種，在收獲時往往沒有達到完熟，因而影響種子的貯藏。據實驗，在霜前成熟好的種子，其發芽率較高。收獲時，只要蠟熟期在霜凍前，發芽率應可達到92.4%，但霜後蠟熟期收獲的種子發芽率只有57.3%。
高水分水稻種子在冬季低溫條件下易發生低溫凍害。據研究，含水量18%的水稻種子在-20℃低溫下，發芽率就明顯下降；在-25℃條件下，經過1天冷凍，含水量18%的種子發芽率降至71%；含水量16.2%的種子經7天的冷凍，發芽率降至84%；隨冷凍時間延長發芽率降低。為了防止低溫凍害，在冬季低溫來臨之前，應將水稻種子水分降至13%左右。
（3）耐熱性較差。水稻種子的耐熱性較差，如在人工幹燥或在日光曝曬時對溫度控制失當，均能增加爆腰率，引起變色，損害發芽率。Schmidt（1956）用密閉法幹燥研究指出，45℃時種子發芽率開始降低，60℃時發芽率下降壹半。巖崎（1976）研究表明，水分14.3%的水稻種子在60℃下處理1小時，過氧化氫酶、澱粉酶活性已受到影響，70℃下1小時後上述兩種酶活性遭到嚴重破壞。