明神宗長久未能確認太子人選，十余年間立儲之事爭諫不絕。直到皇長子年滿十八，到了婚冠的年齡，時任內閣大學士的沈壹貫上疏，收到立竿見影的奇效。沈疏中“多子多孫”苦勸明神宗早立太子，神宗遂詔將行冊立太子禮，立長子朱常洛為太子。
鄭貴妃因此與明神宗鬧翻，使明神宗動搖，又借口“典禮未備”，要改期冊立太子。此時，沈壹貫即將明神宗手詔封還，堅決不同意冊立改期。明神宗遂下定決心，於十月十五正式冊立朱常洛為太子，封朱常洵為福王。 明朝中期黨爭劇烈，有名有勢的大黨有閹黨，浙黨和東林黨，沈壹貫即是浙黨（或“齊楚浙黨”）的領袖人物。
萬歷二十七年（1599年），己亥京察，北察主計人時任吏部尚書的李戴在沈壹貫授意下大力打擊政敵。
萬歷三十二年（1604年），吏部郎中顧憲成觸怒萬歷帝而遭革職，遂與高攀龍、錢壹本等士人在老家無錫東林書院講學，常評議朝政褒貶人物，形成政治勢力，世稱“東林黨”。同時有宦官集團，網眼遍布朝野，世稱“閹黨”。與此同時，沈壹貫大權在握，遂糾結京師的浙江籍官僚，形成“浙黨”，與東林黨爭鋒相對，又與閹黨時相唱和。時有小派系，壹為以官應震、吳亮嗣等為領導人物的“楚黨”，壹為以山東籍官僚為主的，稱“齊黨”，楚黨與齊黨常依附於浙黨，合稱作“齊楚浙黨”。另有同以地緣關系結成的“宣黨”和“昆黨”。諸黨相互攻訐，相互算計坑害，互不相讓，致使黨爭綿延數十年，朝野不得安寧。
萬歷三十三年（1605年）乙巳京察，此次黨爭以沈氏的全面獲勝而終。
萬歷三十四年（1606年），南京吏部給事中陳良訓、禦史孫居相再次上疏彈劾沈壹貫。是謂“京察之爭”沈壹貫離職後，黨爭仍不息止，京察壹事壹鬧再鬧。
萬歷四十五年（1617年），浙黨官員掌管京察，大肆打擊陷害東林黨人。
萬歷四十八年（1620年），移宮案爆發，東林黨人楊漣、左光鬥等因“護駕有功”，被重新啟用。
天啟三年（1623年），東林黨官員主持京察時，又大力反擊，驅逐齊楚浙黨人士。 浙黨是在沈壹貫蒙上箝下、排斥異己、遍置私人的過程中形成和發展起來的。浙黨逐步的形成、勢力的擴張與沈壹貫在朝廷中的地位水漲船高,與萬歷壹朝的國政大事息息相關,而且浙黨對萬歷中後期政局的影響是深遠的。浙黨是明末朋黨中最早形成的壹個黨派,浙黨在沈壹貫為內閣首輔的時期(萬歷三十年代左右)保有相當強的朝中勢力,左右著當時的朝政大事,使朝中只有浙黨之是非而沒有公理之是非。