遊戲故事先敘述了初代和斑當年終結谷壹戰的始末，以此為開端展開故事。正篇從第四次忍界大戰鳴人等人對戰宇智波帶土、佐助前往會見知曉壹切的人開始，部分章節分為「陽之道」和「陰之道」，需兩條線路均打通才能開啟下壹章節，此外還有幾條支線劇情存在於主線之外，但不影響通關流程，只跟故事達成率有關。 大章節 中標題小段落創生之章創生之死鬥 忍之歷史下壹章預告雙傑之章預告雙傑之章陽之道面具底下 挑戰敵人的忍者們破裂的面具少年們的戰場 前篇 戰時的少年們兩人的裂痕少年們的戰場 後篇 被擄走的琳***鬥的兩人被繼承的眼睛英雄帶土身處於地獄 超越死亡 在悲劇的雨中嘶吼的野獸 第二個斑漆黑的世界（支線） 襲擊木葉行於黑暗白熱化的戰場斑·現身 交戰 威脅·覺醒 十尾·咆哮 忍者聯軍之術 天地異變 陰之道「鷹」再次行動「鷹」出動前往該地知道壹切的人們火影們現身 佐助的答案離別之路（支線） 與夢***存 前往戰場 「鷹」的實力火影出陣 下壹章預告***鬥之章預告 ***鬥之章 第七班·集結第七班·再度集結黑炎鳴響時空間的戰鬥 無法相通的意誌非人領域十尾人柱力火影與帶土 與父親壹同 更加激烈的生死戰 先人的戰鬥（支線） 斑的計劃 無法傳達的想法 填補空洞內心之物 賭上未來忍者之夢·孤獨 「宇智波帶土」墜落地面之夢斑的脈動最兇·再度起動壓倒性力量鳴人·死亡 下壹章預告決戰之章預告決戰之章陽之道 消失的風 鳴人的軌跡 兩個人 並立的雙雄拯救紅色猛獸 邁特凱登場八門遁甲之陣向斑逼近的影子 陰之道墜落的雷佐助的軌跡「鷹」疾驅無法言喻的不安到佐助的身邊名為兜的男人（支線）無限輪回「伊邪那美」解放之時 狂暴的疾風·奔馳的迅雷 最終決戰·開始六道完全體 天地狂亂無限月讀 暴神輝夜 前篇 「大筒木輝夜」被操弄的忍者們 再會了，好友暴神輝夜 後篇輝夜暴走 歷史的勝利者別離之時下壹章預告新生之章預告新生之章 鳴人與佐助 夢·吼叫的雙傑 「最後」之戰「好友」牽絆 Staff roll 漩渦鳴人故事新時代 新芽 劇情簡介：
遊戲開始由初代火影千手柱間和宇智波斑的決鬥開始，接著橫跨到第四次忍界大戰，講述了四位火影奔赴戰場，宇智波佐助歸來，宇智波帶土成為十尾人柱力等壹直到鳴人當上七代火影結束。
冒險模式：
疾風的軌跡篇：
（幾乎為原創）講述大戰後鳴人的日常生活以及和日向雛田愛情的萌芽，支線還包括油女誌乃最後當上老師的原因。其中還包括參加邁特凱的熱血比試，奇拉比的收集回憶水晶之旅，千手綱手的忍界武鬥賽（和究極風暴—革命不同）。
木葉新綠篇：（第壹款DLC，已上市）
講述奈良鹿丸成為第六代火影旗木卡卡西的助手所發生的事，其中還包括鹿丸與手鞠的愛情萌芽。
沙海之絆篇：（第二款DLC，4月5日上市）
講述第四次忍界大戰後我愛羅的故事。
收藏模式：
在劇情模式中每次格鬥都會出現各式各樣的支線任務，完成支線任務就會獲得忍寶，而憑借忍寶可在收藏裏的萬事屋解鎖新的服裝、卡片、替身、終結畫面等。（備註：冒險模式的任務和格鬥中都可獲得忍寶）。
格鬥模式：
繼承究極風暴—革命的聯手奧義，並且增加多個人物，其中主要包括：漩渦鳴人（THE LAST），宇智波佐助（THE LAST），漩渦博人，宇智波佐良娜，野原琳，宇智波帶土（少年暴走、六道仙人模式），宇智波斑（六道仙人模式）等，聯手奧義也增加許多。