所謂“焚書坑儒”實際上是兩個獨立的事件：
公元前213年（秦始皇34年），在秦始皇的鹹陽宮酒會上，70博士為這位始皇帝祝壽。仆射周青臣大拍馬屁，說什麽“自上古不及陛下威德”，被書呆子型的博士淳於越直斥為面腴；淳於越大唱“事不師古而能長久者，非所聞也”的儒家老調，卻惹得身為丞相的法家李斯大為不滿，認為“今諸生不師今而學古，以非當世，惑亂黔首。”因此倡言：“史官非《秦記》皆燒之。非博士官所職，天下敢有藏《詩》、《書》、百家語者，悉詣守、尉雜燒之。有敢偶語《詩》、《書》者棄市。以古非今者族。”（《史記·秦始皇本紀》）秦自商鞅變法後，依靠法家的嚴刑峻法大大提高了它的軍事實力和行政效率，並最終得以並吞六國、統壹宇內，因此秦始皇自然批準了李斯的建議。
比較可惜的是各國的史書，燒了個精光，大大增加了司馬遷寫《史記》的難度，《史記·六國年表序》：“惜哉！惜哉！獨有《秦記》，又不載日月，其文略不具。”也使得西晉挖出的魏國史書《竹書紀年》身價倍增。國家史誌盡記些個頒歷告朔、戰爭祭祀的大事，事關王統，秦始皇此舉完全可以理解。
《詩》、《書》、百家語非博士官所職皆燒之，“令下三十日不燒，黥為城旦。”也就是說，民間不許再收藏、傳授《詩》、《書》、百家語，但博士職掌的這些書籍還是被保留的。“若欲有學法令，以吏為師”，儒、道、名、墨等諸家學說在民間被禁，唯法令可學，鼓勵向“吏”學習各種法令。此外，“所不去者，醫藥、蔔筮、種樹之書”，各種相關實用技藝的書籍也都受到保護。
項羽火燒鹹陽，包括《詩》、《書》、百家語在內的博士官職掌的國家圖書在劫難逃。但《詩》、《書》之類終究還是很好地得到了傳存。《六國表序》：“《詩》、《書》所以復見者，多藏人家，而史記獨藏周室，以故滅。”秦始皇焚書令下，象伏生這樣的讀書人抱著簡冊就跑掉了。漢惠帝“除挾書律”後，文、景、武帝時各種秦際遭禁的《詩》、《書》、百家語在民間大量出現。其稱大宗者如魯***王壞孔子宅而得的孔壁書，河間獻王搜集的古文書，河內女子發老屋而得的古文書。漢以後《詩》、《書》等儒家經典更是發揚光大。
反倒是秦際特準保護的醫藥、蔔筮、種樹這些相關實用技藝的書籍滅絕失傳。要不是這些年陸續發現了不少簡帛日書、式法、五星占、養生方、病方、脈經、胎產書、導引圖、美食方（最近在虎溪山沅陵侯吳陽墓中發現）等等，我們對古代偉大的實用技藝知識就只能永遠停留在《漢書·藝文誌》的那張書目單上。
秦始皇在“收天下書不中用者盡去之”之後，“悉召文學方術士甚眾，欲以興太平”，雖屬冠冕堂皇的門面話，但儒生和方士事實上確實還是相當自在甚至可以說很活躍。公元前212年（秦始皇35年），秦始皇羨慕長生不死的“真人”，用侯生、盧生等方士以求靈芝仙藥。方士以無法交差而“亡去”。“始皇聞亡，乃大怒曰：‘……方士欲練以求奇藥。今聞韓眾去不報，徐市等費以巨萬計，終不得藥，徒奸利相告日聞。盧生等吾尊賜之甚厚，今乃誹謗我，以重吾不德也。諸生在鹹陽者，吾使人廉問，或為妖言以亂黔首。’於是使禦史悉案問諸生，諸生傳相告引，乃自除。犯禁者四百六十余人，皆坑之鹹陽，使天下知之，以懲後。益發謫徙邊。”（《史記·秦始皇本紀》）