普查分為工作準備、普查實施和驗收匯總三個階段。
第壹階段：2012年9月至2012年12月。主要任務是制定普查實施方案，發布規範和標準，組織培訓。
1.成立普查機構。縣級以上地方各級人民政府成立本行政區的普查領導機構，並設立普查組織、文物認定、信息登錄等專門職能機構和相應專家庫。重點文物收藏單位和收藏相對集中的行業和國有單位成立專門工作機構。
2.編制普查實施方案。各省根據國務院普查領導小組統壹要求，制定本省普查實施方案，並報國務院普查領導小組辦公室備案。
3.編制並落實經費預算。各級普查機構、國有單位編制本地區、本單位普查經費預算。
4.制訂頒布可移動文物普查標準與規範，制定普查文物認定程序，編印普查工作手冊。
5.組建各級普查隊伍，編印普查教材，開展各級普查培訓。
6.開發普查軟件，建設普查信息管理平臺和普查工作網站。
7.制定普查宣傳方案，開展普查宣傳。
第二階段，2013年1月至2015年12月。主要任務是以縣域為基礎，開展文物調查認定和信息數據登錄。普查數據資料邊采集、邊建檔、邊整理、邊報送、邊審核、邊登錄。
1.各級普查機構制定本行政區域文物認定程序，開展國有單位收藏、保管文物情況摸底排查。有關單位開展文物清庫、完善相關檔案記錄，按要求登記申報。
2.各級普查機構對各單位文物申報信息進行核查認定，經認定收藏有文物的單位列入登記範圍。
3.在普查機構指導下，列入普查範圍的各文物收藏單位根據國家統壹規範和技術標準，開展文物測量、拍攝、信息數據資料采集和登記，並即時將文物信息通過可移動文物信息管理平臺聯網上報。也可以紙質或者離線電子數據方式將文物信息報送各地普查機構，由普查機構統壹錄入上報。
4.各級普查機構依權限組織專家對各單位上報的文物信息進行網上審核和現場復核。
5.各級普查機構向上級普查機構按季度報送普查進展情況報告。
第三階段：2016年1月至12月。主要任務是普查數據、資料的整理、匯總、數據庫建設和公布普查成果。
1.公布全國可移動文物名錄和可移動文物收藏單位名錄；
2.建立全國可移動文物編碼系統及可移動文物收藏單位編碼系統；
3.建立可移動文物信息管理系統；
4.編制可移動文物普查檔案；
5.編制普查工作報告。
6.完成項目的結項評估和審計工作。